Naukowcy z Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego stworzyli oprogramowanie do gromadzenia, zarządzania i przetwarzania danych o pacjentach, dawcach i materiale biologicznym, jak również zarządzania całymi kolekcjami biologicznymi i ich składowaniem. Narzędzie może być wsparciem badaczy i klinicystów.
Nad rozwiązaniem pracowali naukowcy z Międzynarodowej Agendy Badawczej – Laboratorium Medycyny 3P. To wspólna specjalistyczna jednostka badawcza Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego oraz Uniwersytetu w Uppsali w Szwecji. Stworzone przez nich oprogramowanie do gromadzenia, zarządzania i przetwarzania danych o pacjentach, dawcach i materiale biologicznym, jak również zarządzania całymi kolekcjami biologicznymi i ich składowaniem, może być nieocenionym wsparciem dla badaczy i klinicystów przy gromadzeniu i analizowaniu prób i danych. Bio3P jest narzędziem bezpłatnym, dostępnym w chmurze pod adresem: https://bio3p.gumed.edu.pl.
Bio3P ma potencjał jako narzędzie w projektach naukowych i klinicznych o różnej skali w zależności od potrzeb i wielkości odbiorcy: grup prowadzących mniejsze i większe projekty naukowe, biorepozytoria czy biobanki. Doskonale sprawdzi się jako system do współpracy z rozproszonymi geograficznie jednostkami kolekcjonującymi dane we wspólnym projekcie. Jego niekwestionowaną zaletą jest brak konieczności inwestycji jednostek w oprogramowanie, infrastrukturę IT i zatrudnienie specjalistów do ich rozwoju i utrzymania – wyjaśnia kierujący projektem dr hab. Jakub Mieczkowski.
System jest w pełni elastyczny i pozwala na definiowanie danych i sposobu przetwarzania, a także na import i eksport parametrów ze standardowych plików baz danych.
Aby korzystać z systemu, wystarczy jedynie przeglądarka internetowa, zarówno na komputerze, jak i smartfonie czy tablecie. Moduł wizualizacji i analizy danych pozwala na integrację z danymi obrazowymi, ich regionizację i tagowanie, a także tworzenie wykresów na podstawie danych znajdujących się w systemie – dodaje – dodaje dr Natalia Filipowicz.
Pomimo dostępności systemu w chmurze, wszystkie dane nadal znajdują się na serwerach Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Rozwiązanie powstało we współpracy z firmą BIOENIT Jakub Szymanowski.
Międzynarodowa Agenda Badawcza (MAB) – Laboratorium Medycyny 3P (ang. Preventive, Personalized, Precision) zajmuje się badaniami nad anomaliami genetycznymi nabytymi w ciągu życia jako czynnikami ryzyka nowotworów i innych chorób, m.in. raka piersi u kobiet, raka prostaty u mężczyzn, raka okrężnicy i pęcherza u obu płci, choroby Alzheimera u mężczyzn w związku z występującą u nich utratą chromosomu Y. Celem jest znalezienie nowych biomarkerów ryzyka rozwoju raka oraz lepsze poznanie wczesnych etapów rozwoju choroby Alzheimera.
MK, źródło: GUMed