Trzech doktorantów z Zakładu Genetyki Bakterii z Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego: Mikołaj Dziurzyński, Przemysław Decewicz i Adrian Górecki finalizuje prace nad systemem internetowym do szybkiego i dokładnego opisywania sekwencji DNA bakterii. Dzięki temu skróceniu ulegnie początkowy etap badań w projektach naukowych wykorzystujących analizę DNA bakterii ulegnie skróceniu.
Główną zaletą systemu ma być dostarczenie wysokiej jakości informacji zwrotnej w zaledwie kilka godzin, czyli wielokrotnie szybciej w porównaniu ze żmudnymi i zajmującymi do kilkudziesięciu dni ręcznymi analizami sekwencji genomowych bakterii. Na opisanie jednego genomu bakterii trzeba pracować po 8-10 godzin dziennie przez 20 do 30 dni. W ramach jednego projektu nierzadko zdarza się, że trzeba analizować genomy kilkudziesięciu do kilkuset bakterii.
Obecnie niemal wszystkie badania nad szczepionkami, lekami czy enzymami rozpoczynają się od sekwencjonowania DNA bakterii, m.in. w ramach tzw. odwrotnej wakcynologii. Powszechne wykorzystanie w nauce technologii wysokoprzepustowego sekwencjonowania spowodowało, że badacze mają dziś do dyspozycji różnego rodzaju bazy zawierające ogromną liczbę zidentyfikowanych już sekwencji DNA. Nie są jednak w stanie szybko i w sposób wiarygodny przeanalizować dostępnych informacji pod kątem funkcji poszczególnych genów, tym bardziej, że w zawartych w bazach opisach często zdarzają się błędy.
– Jak dotąd nie powstały narzędzia automatyczne, które dostarczałyby w pełni wiarygodne wyniki sekwencjonowania w postaci opisanych funkcji genów. Dzięki wykorzystaniu naszego systemu internetowego wstępne wyniki zapytania otrzymamy już w ciągu kilku godzin – mówi mgr Przemysław Decewicz z Wydziału Biologii UW.
Założeniem autorów jest połączenie zalet dostępnych metod analizy danych uzyskiwanych w trakcie sekwencjonowania. Zaprojektowano w związku z tym półautomatyczny system ekspercki, który obudowano bardzo intuicyjnym interfejsem. Pozwala on na niedrogie, bardzo szybkie i wiarygodne określanie funkcji analizowanych sekwencji DNA.
Co istotne, z serwisu będzie mógł skorzystać każdy naukowiec wykorzystujący w swoich badaniach analizy genetyczne bakterii.
MK
(Źródło: UW)