Aktualności
Badania
22 Kwietnia
Źródło: www.ug.edu.pl
Opublikowano: 2020-04-22

W Gdańsku wyizolowano genom wirusa SARS-CoV-2

Dr Łukasz Rąbalski z Zakładu Szczepionek Rekombinowanych Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego jako pierwszy w Polsce uzyskał pełną sekwencję genetyczną koronawirusa SARS-CoV-2 wyizolowanego bezpośrednio od polskiego pacjenta.  

Tym pacjentem był 48-letni mężczyzna hospitalizowany w Gdańsku. Materiał genetyczny został pobrany na początku kwietnia. Prace prowadzone były w Pracowni Biologii Molekularnej „Diagnostyka”, mieszczącej się w Siódmym Szpitalu Marynarki Wojennej w Gdańsku. Jest to laboratorium, które powstało dzięki przekazaniu specjalistycznej aparatury przez Uniwersytet Gdański: dwóch termocyklerów Light Cycler 480 II, dwóch komór laminarnych klasy BSL-2 oraz sprzętu uzupełniającego. W prace diagnostyczne w laboratorium zaangażowani są pracownicy „Diagnostyki” oraz jako wsparcie w okresie pandemii doktoranci z Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG i GUMed.

Przy rozkodowaniu wirusa od polskiego pacjenta z Pomorza zastosowana została najnowsza generacja sekwenatorów firmy Oxford Nanopore Technologies, co oznacza brak dodatkowych procedur, które mogą wprowadzać zniekształcenia. Wykorzystane zostały protokoły bioinformatyczne, opracowane wcześniej przez naukowców ARTIC do gromadzenia danych genetycznych w trakcie epidemii wirusa ebola w Afryce.

– Materiał genetyczny musi spełniać wiele norm jakościowych i ilościowych, aby możliwe było jego odkodowanie.  W przypadku wirusów, których materiałem genetycznym jest jednoniciowy RNA stosuje się metody zwielokrotniające ilość materiału genetycznego. Standardowo, do tej pory, działo się to poprzez powielanie cząstek wirusowych w laboratoriach. Obecnie, dzięki osiągnięciom w dziedzinie biologii molekularnej, można zastosować krótszą drogę bez konieczności hodowli wirusa – wyjaśnia dr Łukasz Rąbalski.

Sekwencja genetyczna koduje wiele ważnych informacji, np. jak wirus „oszukuje” organizm człowieka, osłabiając jego odporność. Dzięki wyizolowaniu takiej sekwencji, czyli odkodowaniu wirusa, możliwe jest lepsze poznanie właściwości wirusa, m.in. jego pochodzenia zarówno w kontekście ewolucyjnym, jak i geograficznym, a w konsekwencji znalezienie szczepionki oraz leku.

Sekwencja genetyczna koronawirusa SARS-CoV-2, wyizolowanego bezpośrednio od polskiego pacjenta, została opublikowana w globalnej bazie danych GISAID 20 kwietnia 2020 r. Do tej pory w największej bazie danych, gdzie naukowcy z całego świata umieścili już ponad 5000 sekwencji, nie było ani jednego polskiego izolatu pochodzącego bezpośrednio od pacjenta. Wcześniejszy genom z Polski pochodził  z analizy wirusów namnożonych w laboratorium w liniach komórkowych.

Aktualnie prowadzone są kolejne sekwencjonowania wirusów pochodzących od polskich pacjentów izolowanych również w Laboratorium Hematologii Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku i w ciągu najbliższych dni zaplanowano wysyłanie kolejnych sekwencji. Uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę również Polskę w swoich badaniach związanych z globalną epidemiologią choroby COVID-19 oraz stanowią ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa.

źródło: UG

Dyskusja (0 komentarzy)