Aktualności
Życie akademickie
04 Października
Opublikowano: 2021-10-04

Pionierski kurs bioinformatyczny w ICM UW

Ponad 80 specjalistów – lekarzy, informatyków, biologów, chemików, inżynierów – odbierze w tym tygodniu świadectwa ukończenia pionierskiego kursu bioinformatycznego prowadzonego przez Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego oraz Instytut Matki i Dziecka. Inicjatorzy przedsięwzięcia planują kolejne edycje.  

Kurs „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” ma umożliwić kształcenie interdyscyplinarnych kadr i jednocześnie stanowić impuls do przyspieszenia rozwoju bioinformatyki w Polsce.

Bioinformatyka nierozerwalnie związana jest z rozwojem technik stosowanych w genetyce człowieka (genomice) oraz – patrząc szerzej – innych technik omicznych (transkryptomiki, proteomiki, metabolomiki etc.) i staje się jednym z kluczowych działów nauki, a także drogą do dalszego postępu medycyny, dzięki zwiększaniu możliwości przetworzenia niemożliwych dotychczas do zinterpretowania danych na wynik diagnostyczny – przekonuje Mariusz Chrzanowski, pełnomocnik dyrektora ds. pozyskiwania funduszy w Instytucie Matki i Dziecka, kierownik projektu „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka”.

Jednym z jego celów było opracowanie i wdrożenie, przy wykorzystaniu doświadczeń Katolickiego Uniwersytetu w Leuven, Interdyscyplinarnego Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego oraz Instytutu Matki i Dziecka, podyplomowego kursu bioinformatycznego.

W Instytucie Matki i Dziecka wdrażane są unikalne metody diagnostyki i techniki laboratoryjne z zakresu genetyki laboratoryjnej, w tym analizy oparte o zastosowanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania kwasów nukleinowych – dodaje Chrzanowski.

Użycie najbardziej nowoczesnych i wydajnych technik molekularnej diagnostyki w Polsce zwiększa możliwości skutecznego diagnozowania i leczenia chorób w obrębie większości dziedzin medycyny, a w szczególności pediatrii i neonatologii, onkologii, neurologii, ginekologii czy kardiologii. Przy zastosowaniu nowoczesnego sprzętu i metod analizy kwasów nukleinowych generowane są ogromne ilości danych, do których przetworzenia i wstępnej analizy stają się niezbędne osoby specjalizujące się w zakresie analiz bioinformatycznych.

Zainteresowanie kursem „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza wielkoskalowych danych biomedycznych” prowadzonym w ICM przerosło wyobrażenia organizatorów. Dwie edycje ukończyło 81 specjalistów: lekarzy, informatyków, biologów, chemików, inżynierów i in. Każdorazowo liczba zgłoszeń była wielokrotnie większa niż liczba miejsc. Planowane są kolejne edycje kursu oraz nowe ścieżki edukacyjne.

Ten wymagający zaangażowania 200-godzinny kurs złożony jest z dwóch części. Pierwsza to bardzo szczegółowe wykłady i zajęcia praktyczne z bioinformatyki, skupiające się na językach programowania Python oraz R, a także na zastosowaniu narzędzi Big Data w analizach omicznych czy modelowaniu Deep Learning w badaniach biomedycznych. Drugą część stanowi szeroki zestaw wykładów oraz zajęć praktycznych z omiki, tzn. uczymy praktycznego wykorzystania analiz wysokoprzepustowych w genomice, epigenomice, transkryptomice, proteomice, metagenomice i metabolomice. Rozwiązujemy z uczestnikami kursu zagadnienia naukowe poprzez zintegrowane stosowanie komplementarnych wobec siebie technik omicznych. Duże grono naszych słuchaczy stanowią naukowcy oraz pracownicy specjalistycznych laboratoriów, co obliguje nas do ciągłej aktualizacji naszego programu nauczania – zaznacza kierownik kursu dr Catherine Suski-Grabowski z Interdyscyplinarnego Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW.

Uczestnicy kursu mają możliwość porównania wyuczonych metod informatycznych z ich komercyjnymi odpowiednikami. ICM UW współpracuje z międzynarodowym koncernem Illumina w zakresie analizy genomicznej, a także z Systems Biology Institute Tokio – wykorzystując i rozwijając platformę Garuda – multinarzędzie do analizy danych naukowych. Na potrzeby kursu wykorzystywana jest również infrastruktura obliczeniowa Centrum Technologii ICM.

W najbliższy piątek, 8 października, w Centrum Technologii ICM odbędzie się uroczyste wręczenie świadectw, wystąpienia wykładowców i absolwentów oraz podsumowanie dwóch edycji kursu: „Omics Data Science Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych”.

Link do transmisji

Program wydarzenia

MK

 

Dyskusja (0 komentarzy)