Z punktu widzenia życia naukowego najważniejszym wydarzeniem Targów Książki w Krakowie jest rozstrzygnięcie konkursu o Nagrodę im. Jana Długosza, który towarzyszy imprezie od jej drugiej edycji. To jedna z najważniejszych nagród w naszym kraju w zakresie humanistyki i to nie tylko ze względu na jej wymiar finansowy – w 2005 r. wynosiła ona 50 tys. zł. Laureatkami 8. edycji konkursu o Nagrodę im. Jana Długosza zostały Mirosława Marody i Anna Giza-Poleszczuk z Instytutu Socjologii Uniwersytetu Warszawskiego. Uhonorowano je za książkę Przemiany więzi społecznych, opublikowaną przez Wydawnictwo Naukowe Scholar (na fot. laureatki wraz z dyrektorem wydawnictwa).
Obie laureatki podkreślały, że już samo znalezienie się w gronie nominowanych traktowały jako ogromne wyróżnienie. Oprócz nich nominowano także: Agatę Bielik-Robson za książkę Duch powierzchni. Rewizja romantyczna i filozofia (TAiWPN Universitas), Pawła Dybla za Granice rozumienia i interpretacji (TAiWPN Universitas), Danutę Gwizdalankę i Krzysztofa Meyera za znakomitą pracę Lutosławski (PWM), Ryszarda Kasperowicza za książkę Zweite, ideale schöpfung – Sztuka w myśleniu historycznym Jacoba Burckhardta (Wydawnictwo Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego), Bogusława Krasnowolskiego za Lokacyjne układy urbanistyczne na obszarze Ziemi Krakowskiej w XIII i XIV wieku (Wydawnictwo Naukowe Akademii Pedagogicznej w Krakowie), Dariusza Kuboka za książkę Prawda i mniemania (Wydawnictwo Uniwersytetu Śląskiego), Marka Kucię za pracę Auschwitz jako fakt społeczny (TAiWPN Universitas), Michała P. Markowskiego za książkę Czarny nurt. Gombrowicz, świat, literatura (Wydawnictwo Literackie) oraz Szymona Rudnickiego za publikację Żydzi w parlamencie II Rzeczypospolitej (Wydawnictwo Sejmowe).
Wśród nominowanych wciąż dominują oficyny krakowskie. Nie umniejsza to znaczenia nagrody, ale daje jurorom powód do narzekań na zbyt małą aktywność wydawców z innych stron Polski. W 2005 r. wśród nominowanych do nagrody książek znalazło się kilka pozycji wydawców ze szkół wyższych, także spoza Krakowa. Niewątpliwie 8. edycja nagrody należała jednak do krakowskiego Universitasu, skądinąd wywodzącego się z kręgów związanych z Uniwersytetem Jagiellońskim i wciąż w tej uczelni szukającego inspiracji edytorskich.
Od 2004 r. Targi Książki w Krakowie znaczone są konkursem na najlepszy podręcznik i skrypt, organizowanym przez Stowarzyszenie Wydawców Szkół Wyższych. Znaczenie tego przedsięwzięcia, a jak sądzę także w ogóle udziału wydawców naukowych w targach, Targi w Krakowie S.A. podkreślają przez ufundowanie jednej z nagród. W drugiej edycji konkursu SWSW nagrodę ministra edukacji otrzymało Wydawnictwo Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej za książkę Jacka Pietrasia Prawo wspólnotowe i integracja europejska. Nagroda Targów w Krakowie S.A. trafiła do Wydawnictwa Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego za podręcznik Termodynamika dla chemików, fizyków i inżynierów Roberta Hołysza, Andrzeja Poniewierskiego i Aliny Ciach. Dwie nagrody SWSW odebrały: Wydawnictwo Naukowe Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza z Poznania za publikację Święta Brygida Szwedzka na tle swoich czasów Ewy i Bernarda Piotrkowskich oraz Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego za Historię polityczną świata XX wieku Bożeny Mankowicz, Marka Bankowicza, Antoniego Dudka, Grzegorza Mazura i Zdzisława Zblewskiego.
Dziewiąta edycja Targów Książki w Krakowie zgromadziła 368 wystawców z całej Polski. Sporą ich część stanowili wydawcy akademiccy. Większość miała stoiska w wydzielonym „Salonie wydawców akademickich i edukacyjnych”. Kilku wydawców znalazło się poza tym sektorem, m.in. wydawnictwa uniwersytetów lubelskich: UMCS i KUL (to ostatnie tradycyjnie znalazło się w grupie wydawców katolickich). Po raz pierwszy na tych targach zorganizowano wspólne stoisko oficyn uczelnianych pod egidą Stowarzyszenia Wydawców Szkół Wyższych. Jego uczestnicy nie ocenili tego przedsięwzięcia jako sukces. Udział we wspólnym stoisku okazał się droższy i bardziej kłopotliwy niż się spodziewano. Miał jednak pozytywny wydźwięk dla organizatorów targów – część wydawców, którzy w nim uczestniczyli, zadeklarowała udział w kolejnej edycji imprezy na własnych stoiskach. Organizatorzy podają, że stoiska odwiedziło ponad 18 tys. osób. Tradycyjnie już bardzo wielu było bibliotekarzy oraz – uczniów.
Program imprez towarzyszących targom obejmował ponad 400 wydarzeń, w tym liczne wystawy, spotkania z autorami, koncerty i dyskusje branżowe. Po raz pierwszy impreza odbyła się w nowej hali. Podobno padł rekord powierzchni wystawienniczej. Lokalizacja hali nie odpowiadała wielu uczestnikom. Okazało się, że z parkowaniem aut jest gorzej niż poprzednio, a wąskie drogi dojazdowe utrudniały życie także odwiedzającym. Dojazd do centrum Krakowa zajmował nadspodziewanie dużo czasu. Wystawcy także to wskazywali, jako powód mniejszej, ich zdaniem, liczby studentów wśród zwiedzających. Targi krakowskie mimo to oceniane są przez wydawców naukowych jako najbardziej owocna tego typu impreza. Trzeba też przyznać, że organizatorzy traktują swoich klientów z dużą troską, a atmosfera tej rozrastającej się wciąż imprezy nadal jest wyjątkowa.