Trudno podać dokładną datę wyjazdu rodziny Zeuschnerów z Niemiec do Polski. Wiadomo, że osiedlili się w Skwierzynie niedaleko Gorzowa. Tam pradziad Ludwika założył aptekę, która przetrwała w rodzinie przez trzy pokolenia. W 1788 Karol Zeuschner przeniósł się do Warszawy. Tu właśnie w 1805 urodził się jego syn, Ludwik, który rozsławił rodowe nazwisko na cały świat. Niestety, różna jego pisownia uniemożliwiła rzetelny spis dorobku naukowego badacza. W publikacjach zagranicznych Ludwik stosował najczęściej zapis: Zeuschner lub Zeischner, w polskich zaś – Zejszner, by w ten sposób podkreślić swój patriotyzm. Z tego powodu został nawet usunięty w latach 30. z UJ.
O dzieciństwie i młodości Zejsznera nic nie wiadomo, oprócz tego, że gimnazjum oraz liceum ukończył w Warszawie. W latach 1822−24 studiował filozofię w UW. W Berlinie studiował historię naturalną, paleontologię oraz mineralogię. Wysoko cenił wykłady Karola Rittera, wybitnego geografa niemieckiego i spotkania oraz rozmowy z Heglem. W 1826 udał się do Getyngi, a dwa lata później otrzymał tam tytuł doktora.
Po powrocie do kraju w latach 1829−33 pracował jako profesor mineralogii w UJ. Organizował wycieczki w okolice Krakowa, Pienin, Podhala i Tatr, które odbywał zazwyczaj samotnie, choć ponoć już wtedy starał się zabierać z sobą studentów. W 1833 opublikował podręcznik do mineralogii oraz kilkanaście rozprawek geologicznych oraz mineralogicznych w języku polskim, niemieckim i francuskim. Jak podaje A. Chałubińska („Kosmos” 1928, t. 53), w sumie w latach 1829−71 Zejszner opublikował 146 dzieł, rozpraw i komunikatów.
W wyniku nasilenia się germanizacji UJ, a także z powodu zamknięcia katedry mineralogii, Zejszner musiał odejść z uczelni. W latach 1833−37 był dyrektorem górnictwa Rzeczypospolitej Krakowskiej. Niewiele zachowało się informacji o tym okresie jego działalności. Na pewno tak wysoki urząd pozwolił mu na podwyższenie statusu materialnego. W latach 1837−48 pracował jako tzw. uczony prywatny. W ciągu tych 11 lat ukazało się ok. 75 prac i artykułów naukowych. Dzięki temu, że publikował za granicą, geologia ziem polskich (szczególnie Karpat) stała się znana w Europie. Pod koniec 1837 udał się w kilkumiesięczną podróż do Niemiec i Austrii, uczestniczył w międzynarodowym zjeździe przyrodników w Pradze, gdzie przedstawił opracowany przez siebie przekrój geologiczny Karpat. Po zakończonej podróży wrócił do Krakowa, a potem wyjechał do Warszawy. Zaprzyjaźnił się z pisarzami i naukowcami z kręgu „Biblioteki Warszawskiej”, na łamach której zamieszczał artykuły geologiczne oraz ludoznawcze.
Dla miłośników Podhala Zejszner jest przede wszystkim badaczem Tatr. W jego dorobku naukowym znajduje się wiele rozpraw na temat budowy tych gór, ich struktury oraz zlodowacenia. W 1844 wydał w Berlinie mapę geologiczną Tatr. Warto jednak przywołać dzieło mniej znane: Pieśni ludu Podhalan, czyli górali tatrowych polskich (1845). Zejszner bowiem interesował się bogactwem sztuki ludowej, zapisywał wszystkie dane o strojach, obyczajach i budownictwie tatrzańskim.
Przyjaźnił się z Wincentym Polem. Był jego zaprzeczeniem: skryty, samotnik, pozbawiony daru słowa, ostrożny, jednak bardzo często popierał idee Pola.
W 1845 przy czasopiśmie „Biblioteka Warszawska” ukazały się pierwsze zeszyty z cyklu „Paleontologia polska”. Zaprezentowano w nich 15 map i bogatą bibliografię. Według zamysłu autora, „cykl miał zawierać opis zoologiczny i geologiczny wszystkich zwierząt i roślin skamieniałych polskich do poznania warstw ziem służących”. Niestety, wydano tylko trzy numery, gdyż nie było chętnych prenumeratorów. Jednak Zejszner nie porzucił idei popularyzacji ukochanej nauki i w 1856 ukazała się Geologia do łatwego pojęcia zastosowana – pierwsza w Polsce książka popularnonaukowa z tej dziedziny wiedzy. W latach 1848−57 Zejszner ponownie został wykładowcą w UJ. Był profesorem w katedrze geologii, zoologii (do 1855) oraz mineralogii, której podstawy dał on sam w 1852, zakładając osobne zbiory mineralogiczne oraz oddzielając ją od geologii. W latach 1857−58 wykładał w Akademii Medyko−Chirurgicznej w Warszawie, potem zaś był urzędnikiem do specjalnych poruczeń w Komisji WRiOP. Wtedy to opracował mapę geologiczną Królestwa. W 1870 powrócił do Krakowa, by na zamówienie Galicyjskiego Banku Przemysłowo−Handlowego prowadzić poszukiwania górnicze.
Przez całe życie badacz kolekcjonował wspaniałe okazy (m.in. czaszkę mamuta wykopaną pod Rzeszowem). Po jego śmierci prawie całe zbiory zakupiło muzeum Dzieduszyckich we Lwowie. Do czasów nam współczesnych zachowało się niewiele eksponatów, można je obejrzeć m.in. w zbiorach UJ.
3 stycznia 1871 Ludwik Zejszner został w okrutny sposób zamordowany, w celach rabunkowych, przez nowo przyjętego służącego. Spoczywa na cmentarzu rakowieckim.