Rada Rektorów była naturalną formą samoorganizacji środowiska akademickiego. Stanowiąc strukturalne przeciwieństwo zarządzania ministerialnego, nie mogła jednak działać jako opozycyjna wobec władzy. Miała ku temu powody, wynikały one z rozbieżnych interesów środowiska akademickiego i administracji państwowej oraz z okoliczności historycznych. Uczelnie akademickie, z pomocą Rady Rektorów, mogły swobodnie egzystować, pozostawał jednak problem środków na działalność, którymi dysponowało ministerstwo.
Rada Rektorów Polskich Szkół Akademickich działała między lutym 1946 a marcem 1947 roku - w czasie, gdy władze komunistyczne likwidowały wszelką, legalną i nielegalną, opozycję. Powołano ją przy cichej aprobacie ministra oświaty Czesława Wycecha. Organizatorem i przewodniczącym Rady został rektor UW Stefan Pieńkowski - uczony i organizator o wielkim autorytecie, umocnionym w okresie prac konspiracyjnych Polski Podziemnej.
Rada działała defensywnie, była ostatnim bastionem akademickiej nauki, którą władze komunistyczne skazały już na likwidację. Tworzyło ją ostatnie pokolenie niezależnych rektorów, powołanych w większości jeszcze przed wojną, ceniących własne imię i przeciwstawiających się politycznej presji. Główną formą prac Rady były konferencje. Działała też ożywiona wymiana korespondencji, dzięki czemu formułowano uzgodnione opinie i postulaty adresowane do władz. Siła Rady wynikała z akceptacji jej działań przez środowisko akademickie i społecznego autorytetu uczonych. Wystąpienia Rady dotyczyły spraw materialnych, tego wymagały powojenne niedostatki. Perspektywiczne znaczenie miały jednak sprawy fundamentalne: projekty nowelizacji ustawodawstwa, obrona profesorskiego stabilitas loci, a przede wszystkim zablokowanie planu powołania rządowej Rady Szkół Wyższych, pomyślanej początkowo jako nadzwyczajny organ przebudowy szkolnictwa i relegacji opozycyjnych studentów. Groziła też utrata kontroli nad badaniami i nadawaniem stopni naukowych wobec tworzenia sieci instytutów resortowych.
Poprzez uczonych-ekspertów Rada przygotowywała własne projekty nowelizacji przedwojennej jeszcze ustawy o szkołach akademickich. W tej kwestii ujawnił się charakterystyczny dla tego typu struktur partykularyzm. Rozbieżności projektów nadsyłanych przez uniwersytety i politechniki można było usunąć, gdyby na to nie tyle czas, ile władza pozwoliła. Ostatnie posiedzenie Rady - już po sfałszowanych wyborach do Sejmu Ustawodawczego - ukazało bezsilność środowiska akademickiego. Inicjatywę przejęły władze partyjno-państwowe, działające poprzez Radę Szkół Wyższych.
Radę Rektorów potraktowano jako organ nielegalny. Nowy minister oświaty Stanisław Skrzeszewski wskazywał - w czasie zebrania partyjnych sił naukowych 5 czerwca 1947 roku - na niebywały w dziejach wyższych uczelni fakt, iż ich rektorowie (sic!) odbyli w Warszawie konspiracyjne zebranie i z przygotowanymi tam uchwałami zgłosili się do Ministerstwa. Nie pomogła interpelacja poselska Henryka Raabego w sprawie przywrócenia Rady Rektorów.
Spotkania rektorów przeniesiono z uniwersytetu do ministerstwa. Ministerialni decydenci zorganizowali jednorazowo, 24 i 25 sierpnia 1947 roku, Konferencję Rektorów Szkół Wyższych. Było to grono daleko szersze niż reprezentacja uczelni akademickich. Do tego ministerialny program przewidywał referaty nie rektorów, lecz decydentów - na temat nowego systemu rekrutacji studentów i usprawnienia toku nauki. W ramach ubogiej dyskusji Stanisław Kulczyński zgłosił uzgodnioną z władzami rezolucję potępiającą pracowników nauki sądzonych ówcześnie w procesie działaczy organizacji „Wolność i Niezawisłość”. Tylko Tadeusz Kotarbiński krytykował niejasny tryb przygotowania rezolucji, a Edward Warchałowski podnosił, iż nie zapadł jeszcze wyrok. Rezolucję przegłosowano w imieniu gasnącego już środowiska akademickiego.