DJózef Stefan Hoene urodził się 23 sierpnia 1776 w Wolsztynie. Jego ojciec, Antoni, był znanym architektem, emigrantem z Czech (w 1779 Stanisław August nadał mu tytuł królewskiego architekta). Rok później rodzina przeniosła się do Poznania, gdzie ojciec przyszłego filozofa zdobył sławę wielkiego budowniczego. W l. 1786-90 uczył się w Szkole Wydziałowej. Wtedy, pod wpływem wydarzeń politycznych, zapragnął wstąpić do wojska. Sprzeciw ojca był stanowczy, lecz upór chłopca jeszcze większy. W 1792 potajemnie uciekł z domu i wkrótce zmienił nazwisko, by utrudnić poszukiwania. Od tej pory zwał się Józefem Wrońskim i tak został zapisany jako kadet Korpusu Artylerii. W czasie insurekcji w 1794 odznaczył się odwagą, co przyniosło mu szybki awans. Podczas obrony Warszawy przed pruskim wojskiem był dowódcą baterii - za swoją dzielność odznaczony został przez Kościuszkę. Uczestniczył również w bitwie pod Maciejowicami, podczas której dostał się do niewoli. Podjął wtedy niezbyt chwalebną decyzję o wstąpieniu do armii rosyjskiej. Awansowany na kapitana, został doradcą w sztabie Suworowa. Kampanię zakończył w stopniu majora, potem przebywał w Grodnie i Wilnie.
Nagła wiadomość o śmierci ojca zmieniła plany. Józef otrzymał spory spadek, który pozwolił mu na podjęcie nauki, o czym od dawna marzył. Złożył dymisję i wyjechał na Zachód. Zafascynowany filozofią Kanta udał się do Królewca, lecz gdy okazało się, że Kant nie prowadził już wykładów, Wroński wyjechał do Halle i Getyngi. W 1800 odwiedził Anglię, potem pojechał do Francji. Zafascynowany Legionami Dąbrowskiego, udał się do generała z prośbą o ponowne przyjęcie go do polskich oddziałów. Dąbrowski przyjął Wrońskiego (nie uznał jednak jego stopni zdobytych w armii carskiej) i wysłał do Marsylii. Tam Hoene-Wroński połączył służbę wojskową z miłością do nauki. Został członkiem Marsyliańskiej Akademii Nauk i Marsyliańskiego Towarzystwa Medycznego.
W Marsylii nastąpiło olśnienie. Dniem przełomowym okazał się 15 sierpnia 1803 r. Wroński stworzył filozofię achrematyczną, która dosięga Absolutu i za pomocą dedukcji wprowadził uporządkowaną, logicznie spójną i rozumowo kompletną wizję przeszłości.
Na pamiątkę tego dnia przyjął imię Maria i do historii filozofii przeszedł już jako Józef Maria Hoene-Wroński, wizjoner ludzkości - zbawiciel świata. Środki materialne umożliwiające drukowanie prac szybko się skończyły, dlatego zaczął udzielać korepetycji z matematyki. Jedną z jego uczennic była Henryka Sarrazin de Montferrier, córka inżyniera mechanika. Panna tak spodobała się nauczycielowi, że w 1810 została jego żoną. Filozof jednak nie zaprzestał działalności. W Paryżu zwrócił się do ambasadora carskiego Kuragina o pomoc finansową. Dzięki niej wydał pierwsze poważne dzieło: Wstęp do filozofii matematyki, które dedykował carowi Aleksandrowi I (tą metodą Wroński zdobywał mecenasów). Niestety, dzieło spotkało się z ostrą krytyką i przyznane dotacje zostały cofnięte. Jednak Wroński nie poddał się. Tym razem zwrócił się z prośbą o wsparcie finansowe do Napoleona, który jednak „nie raczył” zainteresować się działalnością filozofa.
Przełomowym momentem było spotkanie z Piotrem Arsonem, bogatym kupcem z Nicei, z którym filozofa zapoznał jego dawny przyjaciel Filip Girard (nb. założyciel Żyrardowa). Arson, zafascynowany ideami Wrońskiego, przez kilka lat sponsorował jego działalność. W zamian filozof miał wyjawić mu tajemnicę Absolutu. Ten dziwny związek filozofa z kupcem trwał do 1816 r. Arson, sekretarz Wrońskiego, oddany mu aż do granic, w końcu zażądał spełnienia obietnicy, gdy zaś mistrz nie dotrzymał słowa, wytoczył mu proces. Sprawa była na tyle głośna, że po kilku latach stała się tematem jednej z książek Balzaka Poszukiwanie absolutu. Arsen odszedł, lecz w zamian „musiał” spłacić długi swojego dawnego mistrza.
W tym czasie Wroński wydał Le Sphinx, które miało upowszechnić jego doktryny społeczne. W 1820 udał się do Anglii. Tam spotkał się z Tomaszem Youngiem przedstawiając mu dzieło o Nawigacjach długości geograficznych. Dzieło skrytykowano, a projekty odrzucono. Filozof powrócił do Paryża. Tu przedstawił projekty przyrządów matematycznych: pierścienia arytmetycznego (do mnożenia i dzielenia) oraz „arytmoskopu” (do różnych działań arytmetycznych). Jednak, jak pokazała historia, to nie wynalazki, a odkrycie wyznacznika funkcyjnego w teorii równań różniczkowych (od nazwiska wynalazcy zwanego wronskianem) rozsławiło imię filozofa.
W 1829 Wroński, zafascynowany osiągnięciami techniki, wydał dzieło poświęcone maszynom parowym. Jednak od lat 30. aż do końca życia skupił się już wyłącznie na pojęciu mesjanizmu. Wtedy opublikował słynną Odezwę do narodów słowiańskich o przeznaczeniu świata i najsłynniejsze dzieła: Mesjanizm, Prolegomena do mesjanizmu oraz Propedeutykę mesjanizmu. W tym też czasie słał memoriały do papieża Leona XII i cesarzy rosyjskich, by poparli jego koncepcję mesjanistyczną.
Ciężko chory, zmarł 9 sierpnia 1853 w Neully pod Paryżem, gdzie został pochowany. Jego filozofia wpłynęła na współczesnych mu myślicieli, m.in.: Cieszkowskiego, Dembowskiego, a ponadto na Norwida. W 1932 powstało Towarzystwo Hoene-Wrońskiego, założone przez P. Chomicza.