W powojennych realiach niewiele pozostao z programu odbudowy nauki i „odbudowy czowieka”, przygotowanego w organach „pastwa podziemnego”. Nie uzyskay szansy realizacji nawet powojenne ju projekty powoania Centralnego Urzdu Odbudowy Nauki i odpowiedniego dziesicioletniego planu finansowego. Dziaacze Polskiej Partii Socjalistycznej zdoali jedynie uruchomi przy Centralnym Urzdzie Planowania Komisj do spraw Odbudowy Nauki Polskiej.
Dominujce byy potrzeby systemu, a nie interesy nauki i uczonych. wczesny prezes CUP Czesaw Borowski po latach wspomina, e Komisja miaa rozdziela rodki budetowe „przy rwnolegym stosowaniu dwch w zasadzie sprzecznych kryteriw: priorytetu dla dziedzin, w ktrych efekt nakadw moe by najszybszy, i uwzgldnianiu tych, gdzie efekt moe by wynikiem tylko wieloletniego dziaania”. Cho Komisja skadaa si z kilku wybitnych organizatorw nauki, dziaaa jako organ pomocniczy i dorany. Prezes Rady Ministrw powoa jej skad do rozdziau rodkw w okresie od 1 kwietnia do 31 grudnia 1946 roku. Przewodniczy Komisji znany ekonomista Jan Drewnowski, wczenie dyrektor Departamentu Planu Dugoterminowego CUP. Zastpowa go Roman Kozowski, a czonkiem by m.in. Jzef Zawadzki, jeden z animatorw polityki „pastwa podziemnego”. Regulamin Komisji wykracza poza zadania dorane – miaa subsydiowa instytucje nauki, ale i „wydawa opinie w sprawach finansowania nauki polskiej w celu koordynowania prac i zamierze poszczeglnych ministerstw i uzgadniania ich z wytycznymi Planu Odbudowy Gospodarczej”. W interpretacji Jana Drewnowskiego, Komisja miaa „zapewni wpyw na finansowanie nauki sferom naukowym, nie za urzdniczym”. Inne byy jednak realia – nim Komisja przystpia do dziaania, prezes Rady Ministrw i prezes CUP rozdysponowali poow rodkw. Komisja rozdzielia pozostae na podstawie wnioskw instytucjonalnych na remonty gmachw, urzdzanie pracowni, na ksiki i pomoce naukowe oraz stypendia badawcze. Uruchomia te Fundusz Stypendialno−Zapomogowy dla pracownikw nauki.
Okres wyborw do Sejmu Ustawodawczego zachwia fundamentami polityki naukowej. Prezes CUP uzyska jednak w marcu 1947 roku prolongat dziaa Komisji o kolejny rok. Dokooptowano do jej skadu Tadeusza Manteuffla i Mariana widerka. Ten drugi zosta wybrany na przewodniczcego okresowo powoanej Podkomisji do spraw Instytutw Naukowo−Badawczych (jej czonkami byli m.in. Janusz Groszkowski i Wojciech witosawski). Podkomisja ta przygotowaa warunki do rozbudowy pionu nauki resortowej, a do tego miaa, wedug widerka, walczy z „indywidualizmem” uczonych.
Zakres dziaa caej Komisji do spraw Odbudowy Nauki Polskiej poszerzono w 1947 roku o analiz potrzeb organizacyjnych i kadrowych instytucji nauki oraz o doradztwo w sprawie uruchamianego systemu planowania bada. Komisja zebraa dane ankietowe o instytutach resortowych i zakadach uczelnianych, sporzdzia kartotek pracownikw nauki, oceniaa plany wydawnicze i zapotrzebowanie na ksiki obcojzyczne i nadal przydzielaa subwencje dla placwek oraz stypendia doktorskie i habilitacyjne. Powoano kolejn doran podkomisj – do spraw odbudowy bibliotek naukowych, m.in. rozdzielajc ksiki przekazane przez UNRRA. Gdy wygasy dziaania obu podkomisji, Jan Drewnowski uzyska w marcu 1948 roku kolejn prolongat dziaa podstawowych. Komisj do spraw Odbudowy Nauki Polskiej ulokowano jednak z woli Jzefa Cyrankiewicza przy Prezydium Rady Ministrw. Decydoway o tym uwarunkowania polityczne i ustrojowe. PPS wchodzia w faz likwidacji, podobnie CUP. Powoana w miejsce CUP Pastwowa Komisja Planowania Gospodarczego zbiurokratyzowaa system finansowania nauki. W maju 1949 roku w miejsce Komisji do spraw Odbudowy Nauki Polskiej uruchomiono (te przy Prezydium Rzdu) znacznie ograniczon w kompetencjach i moliwociach Komisj Popierania Twrczoci Naukowej i Artystycznej.