Wzgldna liberalizacja polityki Rosji po 1905 roku stworzya szans zaoenia Towarzystwa Naukowego Warszawskiego oraz namiastki polskiej uczelni, konkurencyjnej wobec zrusyfikowanego Uniwersytetu Warszawskiego. Inicjatorem przeksztacenia konspiracyjnego „latajcego uniwersytetu” w legaln uczelni by – wspierany przez Henryka Sienkiewicza i innych intelektualistw – Samuel Dickstein.
W grudniu 1905 roku powoano Towarzystwo Kursw Wyszych, od 9 wrzenia kolejnego roku nazwane Towarzystwem Kursw Naukowych w Warszawie. Wadze zaborcze uniemoliwiay legalne utworzenie uczelni prywatnej, dlatego powoano towarzystwo majce osobowo prawn na mocy ustawy o zwizkach i stowarzyszeniach z 1906 roku.
Wyjtkowa w formie uczelnia dziaaa nie tyle jako agenda, ile po prostu stowarzyszenie wykadowcw i mecenasw. Jak wspomniano w jubileuszowym wydawnictwie TKN (1916), „caym kapitaem przedsiwzicia bya nadzieja, a jedynym interesem (…) postp owiaty wyszej; prawem (…) prawo do ycia nauki polskiej, przybytkiem (…) jakikolwiek najty lokal, a programem wszystko, co zasuguje na nazw nauki; nauczycielami mieli by wszyscy najlepsi uczeni, a uczniami wszyscy, majcy odpowiednie przygotowanie”. Statut wprowadza obok nauczania take „rozpowszechnianie wiadomoci naukowych wrd szerszych warstw spoeczestwa”. Prowadzono wic nie tylko wykady, konwersatoria, seminaria i wiczenia, ale i „wycieczki naukowe, odczyty publiczne i pogadanki naukowe” – na wzr zachodnioeuropejskich „wolnych uniwersytetw”.
Powoano w TKN cztery sekcje: Matematyczno−Przyrodnicz (przejt z Muzeum Przemysu i Rolnictwa), Techniczn, Humanistyczn i Rolnicz. Sekcje rozbudowano w wydziay, z tym e po zwiniciu sekcji rolniczej (1911) powoano w dwa lata pniej Wydzia Ogrodniczy, a w 1916 – Wydzia Leny. W 1915 roku podzielono kierunek matematyczno−przyrodniczy wyodrbniajc Wydzia Fizyczno−Matematyczny. Dominowaa humanistyka, zatrudniajc 75 spord 118 wykadowcw i skupiajc ponad 80 proc. suchaczy, w tym wielu nauczycieli doksztacanych w Instytucie Pedagogicznym TKN. Towarzystwo dziaao non profit, czerpao rodki na administracj, wynajem lokali i honoraria z czesnego, skadek czonkowskich oraz dotacji, darw i zapisw. Dodatniego bilansu nie mogy uratowa rauty, koncerty, broszury oraz „journal parl”, zdarzao si wic, e wykadowcy nie otrzymywali wynagrodzenia. Wprowadzono zatem autonomi finansow wydziaw. Osabo wtedy znaczenie organw statutowych TKN. Byy to typowe dla towarzystw: Zebranie Oglne Czonkw (przed I wojn liczba ich wynosia 606 zwyczajnych, 30 doywotnich i 2 protektorw), Zarzd i Komisja Rewizyjna. Specyficznym organem merytorycznym bya Rada Naukowa, ktrej przewodniczy Dickstein. Centraln Rad w praktyce zastpiy rady poszczeglnych wydziaw, ktre ukaday programy kursw i dobieray wykadowcw. Czonkami TKN mogy by take osoby spoza grona wykadowcw, a nawet in corpore instytucje naukowe i spoeczne.
Uczelnia dziaaa pod sta presj kuratora Warszawskiego Okrgu Naukowego, genera−gubernatora, a nawet oberpolicmajstra. Stosowali oni metod „drobnych szykan”, odmawiali akceptacji poszczeglnych wykadw, tworzyli klimat plegalnoci. Od 1910 roku cenzurowano programy i wymagano pisemnych deklaracji, i „wykadajcy nie dotykali pism zakazanych i trzymali si obiektywnej metody wykadania”. Dokumentacja TKN musiaa by prowadzona take w jzyku rosyjskim. Poziom wykadw by bardzo zrnicowany. Cz prowadzili profesorowie i docenci. Prbowano zorganizowa dwuletnie kolegia z przedmiotami typu akademickiego i egzaminami. Nie byo jednak dyscypliny studiowania. Ogem studiowao w TKN ponad 15 tys. osb, w tym a 11 tys. kobiet. Wrd suchaczy byy osoby z ukoczon zaledwie szko elementarn. Dyplomw ukoczenia studiw nie wydawano, jedynie zawiadczenie o wysuchaniu poszczeglnych wykadw czy ukoczeniu kursu zawodowego. Wkad towarzystwa w kultur i nauk polsk by jednak znaczcy, przez wszystkie lata dyo ono do powoania w Warszawie uniwersytetu i politechniki, co nastpio za okupacji niemieckiej w 1915 roku. Tradycje TKN przeja w 1919 roku Wolna Wszechnica Polska.