Pierwsza z niekoczcego si cyklu reform szkolnictwa wyszego miaa znaczenie dorane, dotykajce przede wszystkim Akademii Krakowskiej, ale te i perspektywiczne. Bya to bowiem reforma systemowa. Wynikaa z ducha epoki Owiecenia, cho jej przyczyny sigay odlegej przeszoci, odkadajcej si w wczesnym stanie Akademii. Jak ocenia z perspektywy jej 500−lecia Karol Mecherzyski, ju w XVI wieku Akademia „obstajc gorliwie przy swoich pierwotnych prawach i urzdzeniach, opieraa si wszelkim na korzy nauk przedsibranym reformom, pokd wycieczona na siach i moralnie zuyta do szcztu nie upada”. Wacaw Tokarz w rozprawie „Komisja Edukacyjna i Uniwersytet Jagielloski” (1924) wskaza, i „zarodki nowego ycia istniay w Akademji, ale do ich ujawnienia potrzeba byo dalszego nacisku okolicznoci zewntrznych”. Tak okolicznoci sta si wstrzs wywoany I rozbiorem. W ramach reform ustrojowych powoano Komisj Edukacji Narodowej – wieckie ministerium owiaty. Upad model dualistyczny, zoony z akademii jezuickich (sia kasaty Zakonu) i wzgldnie samodzielnej Akademii Krakowskiej, uwaanej – pisa Tokarz – „za instytucj czysto kocieln, stanowic integraln cz kleru diecezji”. Mimo prb podejmowanych przez biskupw krakowskich, w Akademii dominowa duch oporu, dochodzio si „do wszystkiego drog lat suby, regularnego udziau w dysputach, wzgldami starszych, nie za prac naukow i studjami zagranic”. Franciszka Dmochowskiego i Franciszka Siarczyskiego satyryczny „Zakus nad zaciekami Wszechnicy Krakowskiej, czyli Uwagi nad niektrymi tej Akademii dysertacjami” (1789) ujawnia, i w niej „peno byo nadtych wysokim o sobie rozumieniem mdrkw, ktrzy im mniej gruntownej nauki mieli, tym mielej na popis z faszywymi wyjedali byskotkami”. Jeli za pisali – byy to „pisma, ktrych trwao rwna kalendarzom... z ktrych skaenie, przelane w uczniw, sta si atwo powszechnym moe”.
Dzieo reform Akademii podj z woli Komisji Edukacji Narodowej w 1777 roku ks. Hugo Kotaj. Zacz wizytacj od porachowania rzeczywistych dochodw i wydatkw. By to nowy, na miar Akademii, ruch egzekucji praw i dbr, naruszajcy skrywane beneficja administratorw. W miejsce syndyka i porednikw Kotaj wprowadzi trzyosobow prokuratori, zawiadujc majtkiem i finansami Akademii. Zebra i uporzdkowa przywileje i przepisy uniwersyteckie, ktre opublikowano. Uruchomi archiwum uczelni, oddzielajc dokumenty od wytworw naukowych. Poczy rozproszone ksigozbiory w bibliotek publiczn, usytuowan przy uczelni. Przeduy do lat trzech kadencj rektora, a przy obsadzie katedr zastosowa konkursy. Zakaza edycji kalendarzy prognostycznych i wyrugowa coroczne panegiryki. Usun nauki perypatetyczne i zreformowa wykady przygotowujce do zawodu nauczyciela, Akademia bowiem, jako Szkoa Gwna, miaa nadzorowa szkoy niszych szczebli. Starsi wiekiem profesorowie przeszli na emerytury, utracili dawne beneficja, modsi pozyskali stae pensje. Wydzia Teologiczny straci dawne prerogatywy na rzecz zrwnanych w prawach kolegiw.
Zmieniajc wszystko, jednego Kotaj nie zmieni – mentalnoci i warsztatu profesorw. Jego wizytacja zostaa przejciowo przerwana, a nawet sd biskupi skaza Kotaja na ekskomunik, utrat beneficjw i trzymiesiczny pobyt w Seminarium Zamkowym. Po latach, w 1844 roku, Fryderyk Hechell odnotowa w dzienniku: „Smutny w rzeczy samej jest stan naszego Wydziau Teologicznego: skada si on... z wielkich gupcw. I tak ks. Laurysiewicz, teraniejszy rektor, tak jest kompletnie gupi, i w adnej materii odezwa si nie umie, a przy tym nie umie adnego jzyka... Ks. Teliga, prawdziwy chop, i w ruchach, i w mowie niezmiernie gburowaty, nigdy w lepszym nie by towarzystwie, ale i w swoim przedmiocie nie tgi. Ks. Penka, dogmatyk zabity wiekw rednich, acinnik wgierski i przyjaciel wgrzyna, atoli wicej od innych pracuje... Na koniec ks. Sosnowski, najmodszy z nich, czowiek ordynaryjny i pijak. Oto jest nasz Wydzia Teologiczny”. Pozostae nieco lepiej wyglday.