Dzia³alno¶æ TNW posiada ju¿ do¶æ obszern± dokumentacjê w postaci prac Marcelego Handelsmana i Bogdana Nawroczyñskiego, a tak¿e licznych studiów i artyku³ów publikowanych w „Rocznikach TNW”. Powsta³e w 1907 roku TNW uznane zosta³o oficjalnie za spadkobiercê Towarzystwa Warszawskiego (od 1808 tak¿e Królewskiego) Przyjació³ Nauk funkcjonuj±cego w latach 1800−32. Zosta³o to formalnie usankcjonowane przez Sejm Rzeczypospolitej, który uchwa³± z 26 lipca 1919 wezwa³ ówczesny rz±d do przyznania TNW Pa³acu Staszica – dawnej siedziby TPN. W momencie tworzenia TNW w l. 1906/07 naturalnym zapleczem dla nowego towarzystwa byli dawni wyk³adowcy i studenci warszawskiej Szko³y G³ównej, przede wszystkim zwi±zani z Kas± im. Mianowskiego, istniej±c± od 1881, i cz³onkowie krakowskiej Akademii Umiejêtno¶ci: Ignacy Chrzanowski, Samuel Dickstein, W³adys³aw Gosiewski, Henryk Hoyer, Aleksander Jab³onowski, Jan Kowalczyk, Adam Antoni Kryñski, W³adys³aw Smoleñski i Teodor Wierzbowski.
TNW od pocz±tku by³o szczególnym tworem akademickim – towarzystwem, które dysponowa³o licznymi komisjami, pracowniami, laboratoriami, gabinetami, a nawet instytutami, ukierunkowanymi na bezpo¶rednie prowadzenie badañ. Pod tym wzglêdem TNW ró¿ni³o siê zasadniczo od Polskiej Akademii Umiejêtno¶ci, która funkcjonowa³a tradycyjnie przede wszystkim jako korporacja uczonych.
Warto przypomnieæ, ¿e przy Wydziale I Jêzykoznawstwa i Historii Literatury, oprócz dwóch komisji: Jêzykowej, której przewodniczy³ Kryñski (a nastêpnie Stanis³aw Szober) i Komisji do Badañ nad Histori± Literatury i O¶wiaty, której przewodniczy³ Gabriel Korbut, istnia³ równie¿ Gabinet Filologiczny, kierowany przez Korbuta, a nastêpnie przez Juliana Krzy¿anowskiego, bêd±cy de facto placówk± badawcz±.
Przy Wydziale II Nauk Historycznych, Spo³ecznych i Filozoficznych funkcjonowa³y komisje: Bibliograficzna, kierowana przez Stefana Dembego, Historyczna, której przewodniczy³ Marceli Handelsman (a nastêpnie Józef Siemieñski). Handelsman kierowa³ równie¿ Gabinetem Nauk Historycznych. Wszystkie te komisje i gabinet prowadzi³y prace badawcze, przede wszystkim w zakresie edytorstwa ¼róde³ i bibliografii.
Najwiêksz± jednak placówk± Wydzia³u II by³ Instytut Nauk Antropologicznych i Etnologicznych, powsta³y z dawnej Pracowni Antropologicznej Kazimierza Sto³yhwy. Sto³yhwo kierowa³ nim do 1935, a po jego odej¶ciu do Uniwersytetu Jagielloñskiego kierownictwo przej±³ Stanis³aw Poniatowski.
Z Wydzia³em II i instytutem zwi±zane by³o tak¿e Muzeum Archeologiczne im. Erazma Majewskiego. W 1933 oddzieli³o siê od instytutu, jednak utrzyma³o zwi±zki z wydzia³em. Po ¶mierci Majewskiego w 1922 nowym dyrektorem muzeum zosta³ W³odzimierz Antoniewicz, który doprowadzi³ do rozkwitu placówki.
Najpotê¿niejszym zapleczem naukowym dysponowa³ Wydzia³ III Nauk Matematyczno−Fizycznych. Per³± w koronie by³ funkcjonuj±cy od 1919/20 Instytut Biologii Do¶wiadczalnej im. Marcelego Nenckiego, który po 1928 przeszed³ do Wydzia³u IV Nauk Biologicznych. Kierowany kolejno przez Kazimierza Bia³aszewicza, Romualda Minkiewicza i Jana Dembowskiego, skupi³ pocz±tkowo istniej±cy od 1913 Zak³ad Fizjologii i utworzony w 1918 Zak³ad Biologii Ogólnej. W latach dwudziestych instytut rozszerzy³ sw± dzia³alno¶æ. Powsta³y wówczas: Stacja Hydrobiologiczna na jeziorze Wigry, Zak³ady Embriologii Eksperymentalnej (pó¼niejszy Zak³ad Morfologii Do¶wiadczalnej), Zak³ad Biometryczny, Stacja Morska na Helu i Stacja Biologiczna w Piñsku. W 1933 przy³±czono do instytutu Pracowniê Neurobiologiczn±, przekszta³con± nastêpnie w zak³ad, a w 1938 wileñski Instytut Badañ Mózgu.
Przy Wydziale III, a nastêpnie IV, funkcjonowa³y równie¿: Komisja Fizjograficzna, Pracownia Meteorologiczna, Gabinet Aktynometryczny, Gabinet Matematyczny, pracownie: Mineralogiczna, Radiologiczna i Fizyczna.
W okresie wojny i okupacji TNW ponios³o ogromne straty osobowe. Przypomnijmy, ¿e w 1938 roku Towarzystwo liczy³o 290 cz³onków, na pocz±tku 1946 roku by³o ich zaledwie 198. W czasie wojny zmar³o 74 cz³onków TNW, co stanowi³o jedn± czwart± przedwojennego sk³adu. W sumie za¶ towarzystwu uby³o 92 cz³onków, czyli ponad jedna trzecia pierwotnego sk³adu.
Podczas okupacji dzia³ania cz³onków TNW skoncentrowane by³y na dwóch kierunkach. Z jednej strony starano siê uratowaæ jak najwiêcej z materialnego dorobku towarzystwa. Dotyczy³o to oczywi¶cie przede wszystkim zbiorów, aparatury i wydawnictw. Z drugiej, cz³onkowie TNW, bêd±cy w przewa¿aj±cej czê¶ci tak¿e profesorami warszawskich szkó³ wy¿szych, starali siê uczestniczyæ w akcjach tajnego nauczania, g³ównie w zdelegalizowanym Uniwersytecie Warszawskim. Wiêkszo¶æ nieruchomo¶ci stanowi±cych w³asno¶æ TNW, nie tylko na terenie Warszawy, uleg³a powa¿nym uszkodzeniom lub zosta³a ca³kowicie zniszczona podczas planowego palenia i burzenia miasta przez hitlerowców po kapitulacji powstania.
Po wojnie dzia³alno¶æ towarzystwa zosta³a wznowiona w Krakowie pod przewodnictwem prezesa, matematyka Wac³awa Sierpiñskiego. Pierwsze po wyzwoleniu zebranie w stolicy odby³o siê 10 listopada 1945. Nim nowy rz±d Rzeczypospolitej, która w 1952 roku przybierze nazwê PRL, zabra³ siê do otwartej rozprawy z towarzystwem i innymi organizacjami akademickimi, w pierwszych latach powojennych TNW otrzyma³o dosyæ poka¼n± pomoc pañstwa. Utrzymywa³o siê i odbudowywa³o swoje struktury przede wszystkim dziêki subwencjom pañstwowym.
¦ledz±c uwa¿nie powojenne losy towarzystwa widaæ wyra¼nie, ¿e ówczesne w³adze pañstwowe w pierwszych latach po zakoñczeniu dzia³añ wojennych nie mia³y jeszcze jednoznacznej wizji przysz³ego kszta³tu akademickich organizacji naukowych w Polsce, a przynajmniej decyzje w tej sprawie odk³ada³y do momentu uporania siê z PSL−owsk± opozycj± i Stanis³awem Miko³ajczykiem. Zasadna wydaje siê teza, ¿e dopiero nasilenie walki politycznej w latach 1947−48, po³±czone z monopolizacj± w³adzy w rêkach utworzonej w 1948 Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej, formalnie wspieranej przez wasalne i sojusznicze Zjednoczone Stronnictwo Ludowe i Stronnictwo Demokratyczne, stworzy³o sytuacjê, w której mo¿na by³o siê zabraæ za reorganizacjê struktur nauki w Polsce.
Sytuacja ulega³a stopniowej, jednak do¶æ wyra¼nej zmianie po roku 1948, kiedy ¶rodowisko naukowe zorientowa³o siê, ¿e plany ówczesnych w³adz pañstwowych zmierzaj± do utworzenia jednej centralnej instytucji naukowej. Podstawowym problemem sta³o siê wiêc pytanie, jak uratowaæ dorobek TNW, jak uratowaæ warsztaty pracy uczonych, jak uchroniæ instytucje i zbiory?
Istotn± zmian± by³o to, ¿e po wojnie TNW odrodzi³o siê ju¿ bez zak³adów przyrodniczych, a przede wszystkim bez Instytutu Biologii Do¶wiadczalnej im. Marcelego Nenckiego, który sta³ siê samodzieln± placówk± pañstwow±. G³ówny nurt aktywno¶ci towarzystwa stanowi³a wiêc dzia³alno¶æ wydawnicza, która apogeum osi±gnê³a w koñcu lat czterdziestych. W 1948 wydano 200 arkuszy druku, a rok pó¼niej a¿ 249 arkuszy.
W dotychczasowej literaturze przedmiotu przewa¿a opinia, ¿e TNW, choæ pod przymusem, to jednak z nieco wiêksz± ochot± zgodzi³o siê na swoj± samolikwidacjê i przejêcie struktur towarzystwa przez PAN ni¿ to mia³o miejsce w przypadku Polskiej Akademii Umiejêtno¶ci. Wydaje siê, ¿e opinia ta jest mocno przesadzona. Cz³onkowie towarzystwa maj±cego sw± siedzibê w Warszawie, zwi±zani od lat ze stolic±, byli prawdopodobnie lepiej zorientowani co do autentycznych intencji w³adz pañstwowych. Gdy zdano sobie sprawê, ¿e decyzja jest nieodwracalna i nieunikniona, uznano, ¿e g³ównym celem w³adz TNW powinno byæ zminimalizowanie strat. Ostateczne rozwi±zanie towarzystwa nast±pi³o na mocy uchwa³y Rady Ministrów o ustaniu dzia³alno¶ci TNW i przejêciu maj±tku towarzystwa przez PAN 13 grudnia 1952.
Towarzystwo odrodzi³o siê w 1981 roku. W 2003 skupia³o 434 uczonych z ró¿nych o¶rodków w kraju w 6 wydzia³ach. Kolejnymi prezesami po reaktywowaniu byli: W. Kemula (1981−85), P. Strebeyko (1985−86), A. Gieysztor (1986−92), B. Górnicki (1992−95), W. Rudowski (1995−2001), A. Paszewski (2001−07), J. Lipkowski (od 2007).