Pocz±tki Uniwersytetu w Wilnie siêgaj± roku 1578, kiedy to 7 lipca król Stefan Batory wyda³ przywilej na za³o¿enie Academia et Universitatis Societatis Jesu. Sk³ada³a siê z dwóch wydzia³ów: teologii oraz filozofii, a tak¿e ze Studium Nauk Humanistycznych, podlega³a jenera³owi Societatis Jesu, poprzez prowincja³a litewskiego. Akademiê Wileñsk± uposa¿y³ domami w Wilnie i posiad³o¶ciami w okolicach bp Walerian Szuszkowski. Jego nastêpca, bp Jerzy Radziwi³³, nakaza³ spaliæ przed ko¶cio³em akademickim ¶w. Jana ksiêgi innowierców i uruchomi³ studentów do walk z kalwinami. Jak ustali³ Micha³ Baliñski (1862), „nie tylko ¿ydzi, mieszczanie i uczniowie innych szkó³ wystawieni byli na bezprawia i pociski ich, lecz palestra, trybuna³y, a nawet ¿o³nierze i pojedyñcza szlachta”. Wed³ug Henryka Barycza, „po³o¿enie na styku czterech ¶wiatów wyznaniowych i ró¿nych nawarstwieñ kulturowych (kultura ³aciñska, bizantyñskowschodnia, muzu³mañska, wreszcie germañsko−luterañska)” wyznacza³o misjê akademii. O znaczeniu jej ¶wiadczy udzia³ w zastosowaniu Ratio studiorum – powszechnego wzorca nauczania w szkolnictwie jezuickim (1591).
Pierwszym rektorem zosta³ ks. Piotr Skarga SJ, nastêpnym ks. Jakub Wujek SJ, t³umacz Biblii na jêzyk polski. Mimo tych s³aw ogólny poziom nauczania nie by³ wysoki. Ks. Ludwik Piechnik SJ w syntezie dziejów akademii wyja¶nia: „nauki humanistyczne miewa³y m³odych nauczycieli (...). W ni¿szych klasach uczyli klerycy (...). Fakultet filozoficzny mia³ dobrych profesorów, ale wyk³ady by³y skrócone do dwóch lat (...). Najgorzej przedstawia³ siê wydzia³ teologiczny, mimo bardzo dobrych profesorów”. Byli to z zasady cudzoziemcy, jezuici. Studiowa³o w akademii oko³o 800 studentów.
Akademia grzêz³a w sporach teologicznych, a czasy od po³owy XVII do po³owy XVIII wieku Baliñski nazywa okresem „odrêtwienia nauk”. Funkcjonowa³o w roku akademickim 1751/1752 tylko 15 katedr, stopnie naukowe uzyskiwa³o corocznie oko³o 10 absolwentów (s³uchaczy by³o ok. 50, obok nich pojawiali siê klerycy Seminarium Diecezjalnego i alumni Seminarium Papieskiego).
Bulla Klemensa XIV (21 lipca 1773) znios³a Zakon Towarzystwa Jezusowego. Powsta³a Schola Princeps Magni Ducatus Lithuaniae – jej rektorem (na lata 1780−99) zosta³ ks. Marcin Poczobut. W tym okresie ziemie litewskie dosta³y siê, w wyniku rozbiorów, pod panowanie Rosji (Wilno w 1795).
Na mocy ukazu cara Aleksandra I z 4 kwietnia 1803 roku odnowiono uczelniê jako Imperatorski Uniwersytet w Wilnie, podleg³y kuratorowi Wileñskiego Okrêgu Naukowego. By³ uczelni± pañstwow±, uposa¿on± (105 tys. rs) z funduszów pojezuickich (w 1829 roku wprowadzono fundusz ministerialny) i poprzez beneficja ko¶cielne profesorów. Utrzymano resztkê societatis, ale ¶wieck±. Profesorowie raz w miesi±cu odbywali posiedzenia naukowe ogólne, niechêtnie, bowiem nale¿a³o wyg³osiæ referat (w 1812 roku ¦niadecki wprowadzi³ obligatoryjnie kolejno¶æ referowania). Funkcjonowa³y cztery wydzia³y: Nauk Fizyczno−Matematycznych, Nauk Lekarskich, Nauk Moralnych i Politycznych oraz Literatury i Sztuk Wyzwolonych. Dzia³a³y 22 katedry, zatrudniano te¿ 12 adiunktów. Nadal uniwersytetowi podlega³y szko³y ni¿szych szczebli, i nadal mia³ prawo i obowi±zek cenzurowania publikacji, tak¿e obcych. Jêzykiem wyk³adowym by³ polski (z wyj±tkiem prawa rzymskiego i „umiejêtno¶ci lekarskich” – tu ³acina). Uniwersytet wykonywa³ wobec swej spo³eczno¶ci jurysdykcjê. Obok rektora dzia³a³a Rada Uniwersytetu – zebranie ogólne, obraduj±ce raz w miesi±cu. Sprawami bie¿±cymi zajmowa³ siê komitet, z³o¿ony z rektora i dziekanów.
W epoce korespondencyjnych rz±dów kuratorskich ksiêcia Adama Jerzego Czartoryskiego (1803− −24), mimo nieszczêsnych okoliczno¶ci polityczno−wojennych, uniwersytet prze¿ywa³ okres rozwoju. Po ks. Poczobucie rektorem zosta³ ks. Hieronim Stroynowski, który sprowadzi³ kilkunastu renomowanych profesorów z zagranicy, widoczna by³a jednak s³abo¶æ zak³adów pomocniczych. Kolejny rektor, Jan ¦niadecki (1806−15) by³ przeciwny anga¿owaniu cudzoziemców, mimo 10 vacatów na katedrach. Wed³ug Piotra Mariana Massoniusa (1922), „Wilno w okresie filareckim stworzy³o typ i wzór studenta (...) w tym konkretnie le¿y wielko¶æ naszego Uniwersytetu”.
Gdy kuratorem ze specjalnymi uprawnieniami zostaje Niko³aj Niko³ajewicz Nowosilcow (1824−32) nastêpuje okres prze¶ladowañ i rusyfikacji administracji uniwersyteckiej – liczba urzêdników równa siê z liczb± profesorów. Jak ocenia³a Janina Koz³owska−Studnicka (1929), „wileñska organizacja o¶wiatowa by³a koncesj± dla spo³eczeñstwa polskiego (...). Piêd¼ po piêdzi, instytucja po instytucji, duszê po duszy, mia³a zagarniaæ Rosja pod swoje nie tylko polityczne, lecz i moralne panowanie”. Uniwersytet uroczy¶cie obchodzi (25 kwietnia 1828) 250−lecie za³o¿enia i 25−lecie „zatwierdzenia” przez Aleksandra I. Ci±g³o¶æ organizacyjna zostaje zerwana ukazem z 1 maja 1832 roku: Uniwersytet zlikwidowano w ramach represji po upadku powstania listopadowego.