Karol Estreicher jr, zwolennik pracy organicznej, powróci³ po wojnie do Polski, choæ jak zapisa³ w Dzienniku wypadków: „ani chwili nie czu³em dla rz±du utworzonego w Warszawie sympatii... Wiedzia³em, z kim mam do czynienia”. Choæ pocz±tkowo s±dzi³, ¿e bêdzie „¿yæ ¿yciem cofniêtym”, postanowi³ dzia³aæ na rzecz tradycji Uniwersytetu Jagielloñskiego, która by³a tak¿e tradycj± Estreicherów. Nie wierzy³ w ideologiê, w apogeum stalinizmu zapisa³ (20 I 1951): „jak w erze Miko³aja I trwaæ bêdzie system, a¿ siê przesili w co¶ innego, kiedy¶ w przysz³o¶ci, w wieku XXI. Zadanie na przysz³o¶æ: popieraæ wszystko to, co w komunizmie jest pozytywne, pracowaæ, nic nie burzyæ i przekazaæ nastêpnemu pokoleniu”. Z t± my¶l± notuje (12 II 1952): „Wszystkie drogi prowadz± do Collegium Maius. To jest w tej chwili moje g³ówne zadanie. Gdy ginie tradycja, gdy komuni¶ci nie chc± siê nawet zgodziæ na togi profesorskie i ró¿ne dawne tradycje uniwersyteckie, moim zadaniem jest tych tradycji, o ile to mo¿liwe, strzec. Za lat 12 Jubileusz 600−lecia”. Do tradycji podchodzi³ funkcjonalnie (22 III 1964): „Wszystko, co jest w Collegium Maius, jest rekonstrukcj±... i to rekonstrukcj± moj±, je¿eli o pomys³y idzie. Sale, malowanie, sprzêty, zabytki, obyczaje. Tak¿e fasady, arkady, dachy i kominy na zewn±trz. Pisaæ to za wcze¶nie, przemilczaæ tak¿e niedobrze”. Opisa³ planowane dzie³o, bez wskazania autora, w broszurze Kolegium Wiêksze (Collegium Maius) Uniwersytetu Jagielloñskiego w Krakowie (Kraków 1946, nak³adem WRN), a po ukoñczeniu rekonstrukcji – w ksiêdze Collegium Maius Uniwersytetu Jagielloñskiego w Krakowie. Dzieje. Obyczaje. Zbiory (Warszawa 1971, Wydawnictwo Interpress).
Rekonstruowa³ Estreicher tak¿e ideê uniwersyteck±. W czasach stalinizmu zanotowa³ (22 VI 1952): „Trafi³em (nareszcie) na dewizê godn± Uniwersytetu Jagielloñskiego. PLUS RATIO QUAM VIS. Jest to pierwsza czê¶æ przys³owia ³aciñskiego „Plus ratio quam vis caeca valere solet”. Na zlecenia Estreichera dewizê wypisa³ Zdzis³aw Pabisiak renesansow± antykw± na portalu Sali Jagielloñskiej. Estreicher powo³a³ do ¿ycia kolejn± dewizê (1 IX 1963): „Skoñczy³em w Collegium Maius portal w Zielonej Sali <NE CEDAT ACADEMIA 1655, 1794, 1939> (...) portal jest pomnikiem wystawionym ku czci tych profesorów, co nie ustêpowali przed si³±. Oba napisy (...) s± mego pomys³u i s³u¿± jednemu celowi – niepodleg³o¶ci Uniwersytetu Jagielloñskiego”.
Estreicher wype³ni³ Collegium Maius nie tylko ide± i tradycj±, ale i ich no¶nikami – zabytkami, które gromadzi³ w ramach akcji rewindykacji dzie³ sztuki i poprzez zakupy. Senat reaktywowa³ 20 czerwca 1947 roku Muzeum UJ, którego dyrektorem zosta³ Adam Bochnak, a zastêpc± dyrektora – Karol Estreicher. To on zamierza³ rozbudowaæ je w „Muzeum Nauki Polskiej”. Estreicher mia³ wtedy za sob± kolokwium habilitacyjne, przeprowadzone na podstawie pracy z 1936 roku Tryptyk ¶w. Trójcy na Wawelu. Wyk³ada³ w ASP w Krakowie jako kontraktowy zastêpca profesora do 1950 roku, a nastêpnie – doje¿d¿aj±c – w Pañstwowej Wy¿szej Szkole Sztuk Plastycznych we Wroc³awiu. Od 1951 roku zosta³ docentem etatowym i przej±³ kierownictwo Muzeum UJ. Po roku mianowano go profesorem nadzwyczajnym. Muzeum kierowa³ do czasu przej¶cia na emeryturê w 1976 roku. Ukazuj±c zasoby muzealne, Estreicher oprowadza³ zagranicznych go¶ci, kierowanych przez MSZ. Organizowa³ wystawy, tak¿e w innych o¶rodkach, a nawet poza granicami – najwiêksza wi±za³a siê z obchodami kopernikañskimi w 1973 roku. W salach muzealnych prowadzi³ seminarium i wyk³ady z historii sztuki.
Drugim obok Muzeum UJ dzie³em ¿ycia Karola Estreichera by³a finalizacja Bibliografii Polskiej – dorobku trzech pokoleñ Estreicherów. Latem 1945 roku Karol jr zapisa³ w Dzienniku wypadków: „Po ¶mierci ojca sta³em siê w³a¶cicielem rêkopisu, a tradycja i wychowanie, i wykszta³cenie, i zami³owanie pcha³y mnie nieodparcie do tego, aby to monumentalne dzie³o, chluba Estreicherów i nauki polskiej, nie przesz³o w obce rêce. W roku 1940, gdy ojciec umar³, Akademia próbowa³a dzie³o sk³adaæ bez autora”. Mimo okupacji, w³adze PAU zleci³y korekty i uzupe³nienia tomu na literê „Z” Aleksandrowi Birkenmajerowi. Karol Estreicher po powrocie z emigracji udokumentowa³, ¿e umowa jego ojca z PAU dotyczy³a tylko tomu na literê „W”. Uzyska³ prawa wy³±cznego w³a¶ciciela od rodzeñstwa i podj±³ prace redakcyjne. Jak zapisa³ (30 VIII 1949): „Bibliografii posun±³em du¿o, nauczy³em siê jej metody, przer±buj±c siê przez rêkopis i przez jej 33 tomy. Zgromadzi³em w³asne, du¿e materia³y. Oczy¶ci³em odsy³acze i uporz±dkowa³em je”. ¦rodki (do 15 X 1949 – ³±cznie 225 tys. z³) otrzymywa³ od PAU, po³owê z nich przeznacza³ na zlecane maszynopisanie. Prawa PAU przesz³y na PAN na mocy uchwa³y Sekretariatu Naukowego Prezydium PAN z 30 grudnia 1952 roku. Estreicher realizowa³ now± umowê w pomocniczej placówce Wydzia³u Nauk Spo³ecznych – Pracowni Reedycji Bibliografii Karola Estreichera st., powo³anej 7 listopada 1953 roku. Dzia³a³a w magazynach gmachu PAU. W roku 1961 przeniesiono tê pracowniê do Collegium Maius UJ. Estreicher z kilkoma wspó³pracownikami przygotowa³ nowe wydanie Bibliografii polskiej XIX stulecia. W latach 1960−1987 ukaza³o siê 14 tomów dzie³a.
Zmar³ 29 kwietnia 1984 roku. Maj±tek zapisa³ Towarzystwu Przyjació³ Sztuk Piêknych. Pozostawi³ wielotomowy Dziennik wypadków, który dokumentuje nie tylko osobowo¶æ autora, ale i naturê systemu komunistycznego.