By³ synem Jana Borejki Chod¼ki, wielkiego patrioty, wolnomularza i pisarza. Urodzi³ siê 19 grudnia 1800 w rodzinnym maj±tku Krzywicze na Wileñszczy¼nie. Na ukszta³towanie postawy dzieci wp³yn±³ nie tylko ojciec, lecz i matka Klara oraz guwerner – Tomasz Zan. Chod¼kowie mieli córkê Zofiê i sze¶ciu synów: Aleksander zosta³ profesorem Collége de France, Micha³ by³ pisarzem i t³umaczem wielu dzie³ klasyki ¶wiatowej, Stanis³aw zosta³ profesorem chemii we Fryburgu. Najmniej wiadomo o Feliksie i W³adys³awie (na pewno przebywa³ z ojcem na zes³aniu na Uralu w l. 1830−34). Józefem rodzina zbytnio siê nie chwali³a. Genera³−lejtnant carskiej armii nie by³ postaci± cenion± przez paryskie krêgi emigracji polskiej. A jednak to on wpisa³ nazwisko Chod¼ków na listê badaczy o ¶wiatowej renomie.
Józef Chod¼ko, w przeciwieñstwie do swych braci, nie by³ cz³owiekiem ulegaj±cym emocjom. Mia³ jasno wytyczony cel i konsekwentnie do niego zmierza³.
Szybko zaprzyja¼ni³ siê z niewiele starszym od siebie Tomaszem Zanem. Dziêki niemu w czasie studiów w Uniwersytecie Wileñskim pozna³ Adama Mickiewicza. W 1825 otrzyma³ tytu³ magistra filozofii. Wiadomo, ¿e interesowa³ siê astronomi±, matematyk± i fizyk±. Uczêszcza³ na kursy dodatkowe z geodezji, prowadzone przez prof. Micha³a Poliñskiego.
W 1816 rz±d carski rozpocz±³ na ogromn± skalê badania geodezyjne. Grupie przewodniczy³ Karl Tenner, który kilka lat pó¼niej zwróci³ siê do w³adz Uniwersytetu Wileñskiego o pomoc w rekrutacji fachowców. Od 1821 Józef Chod¼ko rozpocz±³ wspó³pracê z Tennerem, ¶wiadomie wybieraj±c zawodow± s³u¿bê wojskow± jako drogê realizacji swoich zamierzeñ. Wspólne dzia³ania spowodowa³y, ¿e wiele siê nauczy³, zdoby³ umiejêtno¶ci praktyczne, które potem tak skutecznie wykorzysta³ przy pomiarach Zakaukazia.
Okres studiów i pó¼niejsza dzia³alno¶æ badacza (do 1840) s± najczê¶ciej pomijane przez biografów. Dziêki wnikliwej analizie licznych dokumentów sporz±dzonej przez Andrzeja Furiera, dzi¶ mo¿na ju¿ co¶ wiêcej o tym czasie powiedzieæ. Bywa³ na spotkaniach Towarzystw Filomatów i Filaretów, lecz raczej jako sympatyk, a nie czynny dzia³acz. Nie by³ te¿ z tego powodu represjonowany. W przeciwieñstwie do braci, Feliksa i Micha³a, nie bra³ czynnego udzia³u w powstaniu listopadowym. Po jego klêsce nie wiedzia³, co dalej robiæ. Inaczej jednak ni¿ bracia, pozosta³ w Rosji.
W 1840 Józef Chod¼ko zosta³ przeniesiony na Kaukaz, by prowadziæ tam pomiary geodezyjno−topograficzne. Nie przypuszcza³ wtedy zapewne, ¿e zakocha siê w surowym piêknie Zakaukazia i dokona rzeczy niewiarygodnej – pomiaru Kaukazu metod± triangulacji. Pocz±tki by³y bardzo trudne. Chod¼ko by³ jedynym cz³owiekiem wykszta³conym i wykwalifikowanym w tym kierunku. Zacz±³ zatem od podstaw, czyli od stworzenia w³asnego zespo³u. W czasie szkolenia wykona³ mapy Tbilisi i okolic, które do dzi¶ maj± swoj± warto¶æ. Praca by³a ¿mudna i ma³o spektakularna. Zanim doceniono jego starania, Chod¼ko ws³awi³ siê czynem bynajmniej nie naukowym.
W 1850, wraz z grup± Rosjan i Kozaków, wszed³ (jako drugi cz³owiek w historii) na górê Ararat. Jego wyczyn rozs³awi³ w Europie brat Aleksander, lecz i w¶ród miejscowych Józef sta³ siê s³awny, jako zdobywca biblijnej góry. Ekipa Chod¼ki musia³a wchodziæ na kilkana¶cie równie piêknych i niebezpiecznych szczytów, by pomiary mia³y w pe³ni warto¶æ naukowo−strategiczn±. Józef zosta³ wpisany na listê cz³onków Francuskiego Klubu Alpejskiego.
Prace Chod¼ki przerwa³a w 1853 wojna krymska. Badacz przemieni³ siê ponownie w ¿o³nierza i bra³ czynny udzia³ w walkach. Po pewnym czasie znowu wykorzystano jego wiedzê i umiejêtno¶ci, kieruj±c go do prac nad triangulacj± Kaukazu Pó³nocnego. W 1864 awansowa³ do stopnia genera³a−lejtnanta i odznaczony zosta³ Orderem Or³a Bia³ego. Trzy lata pó¼niej przeszed³ na emeryturê. Ukoñczenie s³u¿by wojskowej umo¿liwi³o mu spe³nienie marzeñ – móg³ w koñcu rozwin±æ nie tylko swoje naukowe kontakty, zaj±æ siê porz±dkowaniem w³asnych badañ, lecz tak¿e i podró¿owaæ po Europie.
W czasie wyjazdów odnowi³ kontakty z braæmi i krewnymi. Pozna³ wielu s³awnych ludzi, m.in. przyja¼ni³ siê z J.I. Kraszewskim oraz spotyka³ z J. Majerem, pierwszym prezesem AU w Krakowie. Ta znajomo¶æ pozwoli³a mu na przedstawienie polskim badaczom historii badañ nad geografi± i kultur± Kaukazu.
Pracê Chod¼ki doceni³o Rosyjskie Towarzystwo Geograficzne, nadaj±c mu w 1871 godno¶æ cz³onka honorowego. W 1873 Kaukaski Oddzia³ Towarzystwa Geograficznego ustanowi³ nagrodê jego imienia za najlepszy opis Kaukazu.
Dziêki pracy Chod¼ki dokonano ogromnego przedsiêwziêcia, jakim by³o stworzenie map opartych na jego wyliczeniach. Na ich podstawie rozbudowano ca³± sieæ komunikacyjn±, ustalono przebieg ró¿nych dróg, zaplanowano budowê miast. Poznano równie¿ budowê oraz wygl±d gór.
Ciê¿ka praca spowodowa³a k³opoty ze zdrowiem. Józef Chod¼ko zmar³ 5 marca 1881 w Tbilisi.