Najczęściej cytowane polskie publikacje ostatniego dziesięciolecia w poszczególnych dziedzinach nauk biologicznych i medycznych.

Immunologia i Mikrobiologia

Andrzej Pilc

Immunologia to dyscyplina nauki z pogranicza biologii i medycyny zajmująca się biologicznymi i biochemicznymi podstawami reakcji odpornościowo−obronnej ustroju na patogen lub inne obce organizmowi substancje i ciała, jak np. toksyny lub transplant. Ponadto bada ona prawidłowość tejże reakcji i ewentualne jej niedobory (Wikipedia).

Immunologia

Z polskich immunologów należy podkreślić dokonania wielkiego, światowej sławy uczonego prof. Ludwika Hirszfelda. Postęp w tej dziedzinie nauki jest ogromny, co w ostatnich latach zaowocowało przyznaniem kilku immunologom Nagród Nobla. Nagrody te otrzymali: Peter C. Doherty i Rolf M. Zinkernagel za badania nad obroną immunologiczną mediowaną przez komórki, Joseph E. Murray i E. Donnell Thomas za badania związane z transplantologią; Susumu Tonegawa za badania nad przeciwciałami oraz Niels K. Jerne, Georges Kohler i Cesar Milstein za badania nad przeciwciałami monoklonalnymi.

By znaleźć się na liście najczęściej cytowanych publikacji, praca musiała zostać opublikowana w czasopiśmie z nazwą „immunology” w tytule bądź autor powinien być zatrudniony w instytucji związanej z immunologią, ewentualnie termin immunologia musiał się pojawić w słowach kluczowych. Arbitralnie przyjętą liczbą, którą publikacja powinna uzyskać, by znaleźć się na liście, było 40 cytowań. Drugim warunkiem umieszczenia publikacji na liście była afiliacja autora z krajową instytucją naukową. Ponadto praca powinna się zaliczać do oryginalnych.

Zidentyfikowano 35 takich publikacji, co stanowiło około 10 proc. wszystkich polskich prac cytowanych ponad 40 razy. W dziedzinie immunologii przeciętna liczba cytowań jednej publikacji wynosi w przypadku Polski 7,28, jest zatem dość wysoka. Graniczna wartość 40 cytowań przewyższa tę średnią 5−6 razy. Gdyby przyjąć, że praca uważana za wysoko cytowaną powinna przekraczać średnią 10 razy, to na liście znalazłoby się jedynie 6−7 publikacji, co uniemożliwiałoby opracowanie statystyki, dlatego – jak w poprzednich przypadkach – przyjęto 40 cytowań jako wartość graniczną.

Najwięcej wysoko cytowanych prac (11, co stanowi ok. 31 proc. całości) pochodzi z Collegium Medicum UJ; sam UJ ma na liście 7 publikacji (20 proc. całości). Zatem jedna tylko uczelnia dostarczyła 50 proc. wysoko cytowanych publikacji w tej dziedzinie nauki. Akademia Medyczna w Poznaniu oraz Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN im L. Hirszfelda we Wrocławiu mają po 6 publikacji, Akademia Medyczna w Warszawie – 3, Akademia Medyczna w Bydgoszczy oraz Centralne Laboratorium Surowic i Szczepionek w Warszawie po 2, a po 1 Politechnika Poznańska, Uniwersytet Wrocławski oraz Instytut Psychiatrii i Neurologii w Warszawie. W sumie 29 publikacji powstało w placówkach uczelnianych, 7 w PAN, a 3 w instytutach resortowych. Geograficznie: 19 prac powstało w Krakowie, po 6 w Poznaniu i Wrocławiu, 4 w Warszawie i 2 w Bydgoszczy.

Osoby, które opublikowały najwięcej takich prac, to: Jan Potempa (UJ) – 7 i Marek Zembala (CMUJ) – 3. Po 2 publikacje mają: Włodzimierz Ptak (CMUJ), Andrzej Mackiewicz (AM Poznań), Stefania Jabłońska (AM Warszawa), Waleria Hryniewicz (Centralne Laboratorium Surowic i Szczepionek w Warszawie), Mariusz Z. Ratajczak i Janusz Marcinkiewicz (CMUJ) oraz Anna Służewska i Janusz Rybakowski (AM w Poznaniu).

Największa liczba wysoko cytowanych publikacji dotyczyła prac związanych z badaniami patogenu porfyromonas gingiwalis (6); 4 publikacje związane były z badaniami nad interleukinami, 3 dotyczyły limfocytów T.

Najczęściej cytowane prace (12, 29 i 30) miały kolejno 105, 95 i 115 odnośników. Dotyczyły one zagadnień immunologicznych związanych z depresją oraz wpływem receptorów histaminowych na regulacje limfocytów T. Dwie z tych publikacji pochodzą z AM w Poznaniu, a jedna z Uniwersytetu Wrocławskiego.

Lista publikacji zamieszczona jest poniżej, liczba cytowań umieszczona jest na końcu danych dotyczących publikacji. Przeciętna liczba cytowań prac umieszczonych na liście wynosiła 59,6, co przekracza średnią krajową ośmiokrotnie. Aż 2/3 prac wymienionych na liście powstało przy znaczącym lub dominującym udziale partnerów zagranicznych. Niektóre z poniższych publikacji znajdą się również na listach często cytowanych publikacji w innych dyscyplinach nauki.

1. Appelbaum, P.C., Gladkova, C., Hryniewicz, W., Kojouharov, B., Kotulova, D., Mihalcu, F., Schindler, J., Setchanova, L., Semina, N., Trupl, J., Tyski, S., Urbaskova, P., Jacobs, M.R., 1996, Carriage of antibiotic−resistant Streptococcus pneumoniae by children in eastern and central Europe−a multicenter study with use of standardized methods, „Clin.Infect.Dis.” 23, 712−717, Serum & Vaccine Res Lab, Warsaw, 45.

2. Baran, J., Guzik, K., Hryniewicz, W., Ernst, M., Flad, H.D., Pryjma, J., 1996, Apoptosis of monocytes and prolonged survival of granulocytes as a result of phagocytosis of bacteria, „Infect.Immun.” 64, 4242−4248, Department of Clinical Immunology and Microbiology, Institute of Paediatrics, Jagiellonian University, Cracow, Sera & Vaccine Cent Res Lab, Warsaw, 57.

3. Baumann, H., Wang, Y., Morella, K.K., Lai, C.F., Dams, H., Hilton, D.J., Hawley, R.G., Mackiewicz, A., 1996, Complex of the soluble IL−11 receptor and IL−11 acts as IL−6−type cytokine in hepatic and nonhepatic cells, „J.Immunol.” 157, 284−290, Poznan Tech Univ, Sch Med Sci, Dept Canc Immunol, Poznan, 40.

4. Calkins, C.C., Platt, K., Potempa, J., Travis, J., 1998, Inactivation of tumor necrosis factor−alpha by proteinases (gingipains) from the periodontal pathogen, Porphyromonas gingivalis. Implications of immune evasion, „J.Biol.Chem.” 273, 6611−6614, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 42.

5. Favre, M., Orth, G., Majewski, S., Baloul, S., Pura, A., Jablonska, S., 1998, Psoriasis: A possible reservoir for human papillomavirus type 5, the virus associated with skin carcinomas of epidermodysplasia verruciformis, „J.Invest Dermatol.” 110, 311−317, Akad Med, Dermatol Klin, Warsaw, 71.

6. Geba, G.P., Ptak, W., Anderson, G.M., Paliwal, V., Ratzlaff, R.E., Levin, J., Askenase, P.W., 1996, Delayed−type hypersensitivity in mast cell−deficient mice: dependence on platelets for expression of contact sensitivity, „J.Immunol.” 157, 557−565, Jagiellonian Univ, Sch Med, Dept Immunol, Krakow, 43.

7. Genco, C.A., Odusanya, B.M., Potempa, J., Mikolajczyk−Pawlinska, J., Travis, J., 1998, A peptide domain on gingipain R which confers immunity against Porphyromonas gingivalis infection in mice, „Infect.Immun.” 66, 4108−4114, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 43.

8. Hausmanowa−Petrusewicz, I., Kowalska−Oledzka, E., Miller, F.W., Jarzabek−Chorzelska, M., Targoff, I.N., Blaszczyk−Kostanecka, M., Jablonska, S., 1997, Clinical, serologic, and immunogenetic features in Polish patients with idiopathic inflammatory myopathies, „Arthritis Rheum.” 40, 1257−1266, Polish Acad Sci, MRC, Neuromuscular Unit, Warsaw, Akad Med, Dermatol Klin, Warsaw, 46.

9. Ignatowicz, L., Rees, W., Pacholczyk, R., Ignatowicz, H., Kushnir, E., Kappler, J., Marrack, P., 1997, T cells can be activated by peptides that are unrelated in sequence to their selecting peptide, „Immunity.” 7, 179−186, Polish Acad Sci, Inst Immunol & Expt Therapy, Wroclaw, Poland, 80.

10. Imamura, T., Potempa, J., Tanase, S., Travis, J., 1997, Activation of blood coagulation factor X by arginine−specific cysteine proteinases (gingipain−Rs) from Porphyromonas gingivalis, „J.Biol.Chem.” 272, 16062−16067, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 49.

11. Jagels, M.A., Travis, J., Potempa, J., Pike, R., Hugli, T.E., 1996, Proteolytic inactivation of the leukocyte C5a receptor by proteinases derived from Porphyromonas gingivalis, „Infect.Immun.” 64, 1984−1991, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 46.

12. Jutel, M., Watanabe, T., Klunker, S., Akdis, M., Thomet, O.A., Malolepszy, J., Zak−Nejmark, T., Koga, R., Kobayashi, T., Blaser, K., Akdis, C.A., 2001, Histamine regulates T−cell and antibody responses by differential expression of H1 and H2 receptors, „Nature” 413, 420−425, Wroclaw Med Univ, Wroclaw, 105.

13. Kortylewski, M., Heinrich, P.C., Mackiewicz, A., Schniertshauer, U., Klingmuller, U., Nakajima, K., Hirano, T., Horn, F., Behrmann, I., 1999, Interleukin−6 and oncostatin M−induced growth inhibition of human A375 melanoma cells is STAT−dependent and involves upregulation of the cyclin−dependent kinase inhibitor p27/Kip1, „Oncogene” 18, 3742−3753, Poznan Tech Univ, Sch Med Sci, Dept Canc Immunol, Poznan, 61.

14. Kozik, A., Moore, R.B., Potempa, J., Imamura, T., Rapala−Kozik, M., Travis, J., 1998, A novel mechanism for bradykinin production at inflammatory sites. Diverse effects of a mixture of neutrophil elastase and mast cell tryptase versus tissue and plasma kallikreins on native and oxidized kininogens, „J.Biol.Chem.” 273, 33224−33229, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 42.

15. Kraj, P., Rao, S.P., Glas, A.M., Hardy, R.R., Milner, E.C., Silberstein, L.E., 1997, The human heavy chain Ig V region gene repertoire is biased at all stages of B cell ontogeny, including early pre−B cells, „J.Immunol.” 158, 5824−5832, Polish Acad Sci, Inst Immunol & Expt Therapy, Wroclaw, 63.

16. Kurkowska−Jastrzebska, I., Wronska, A., Kohutnicka, M., Czlonkowski, A., Czlonkowska, A., 1999, The inflammatory reaction following 1−methyl−4−phenyl−1,2,3, 6−tetrahydropyridine intoxication in mouse, „Exp.Neurol.” 156, 50−61, Medical Academy of Warsaw, Inst Psychiat & Neurol, Warsaw, 77.

17. Lauterbach, R., Pawlik, D., Kowalczyk, D., Ksycinski, W., Helwich, E., Zembala, M., 1999, Effect of the immunomodulating agent, pentoxifylline, in the treatment of sepsis in prematurely delivered infants: a placebo−controlled, double−blind trial, „Crit Care Med.” 27, 807−814, Jagiellonian University School of Medicine, Cracow, 40.

18. Libura, J., Drukala, J., Majka, M., Tomescu, O., Navenot, J.M., Kucia, M., Marquez, L., Peiper, S.C., Barr, F.G., Janowska−Wieczorek, A., Ratajczak, M.Z., 2002, CXCR4−SDF−1 signaling is active in rhabdomyosarcoma cells and regulates locomotion, chemotaxis, and adhesion, „Blood” 100, 2597−2606, Jagiellonian Univ, Childrens Hosp, Lab Cell & Tissue Engn, Krakow, 68.

20. Lourbakos, A., Chinni, C., Thompson, P., Potempa, J., Travis, J., Mackie, E.J., Pike, R.N., 1998, Cleavage and activation of proteinase−activated receptor−2 on human neutrophils by gingipain−R from Porphyromonas gingivalis, „FEBS Lett.” 435, 45−48 Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 42.

21. Lourbakos, A., Potempa, J., Travis, J., D’Andrea, M.R., Andrade−Gordon, P., Santulli, R., Mackie, E.J., Pike, R.N., 2001, Arginine−specific protease from Porphyromonas gingivalis activates protease−activated receptors on human oral epithelial cells and induces interleukin−6 secretion, „Infect.Immun.” 69, 5121−5130 Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 48.

22. Maione, D., Wiznerowicz, M., Delmastro, P., Cortese, R., Ciliberto, G., La Monica, N., Savino, R., 2000, Prolonged expression and effective readministration of erythropoietin delivered with a fully deleted adenoviral vector, „Hum.Gene Ther.” 11, 859−868. Univ Sch Med Sci, Dept Canc Immunol, Poznan, 55.

23. Marcinkiewicz, J., Grabowska, A., Bereta, J., Stelmaszynska, T., 1995, Taurine chloramine, a product of activated neutrophils, inhibits in vitro the generation of nitric oxide and other macrophage inflammatory mediators, „J.Leukoc.Biol.” 58, 667−674, Department of Immunology, Jagiellonian University Medical College, Cracow, 77.

24. Marcinkiewicz, J., 1997, Neutrophil chloramines: missing links between innate and acquired immunity, „Immunol.Today” 18, 577−580, Department of Immunol., Jagiellonian Univ Medical College, Cracow, 48.

25. Marcinkowska, E., Wiedlocha, A., Radzikowski, C., 1997, 1,25−Dihydroxyvitamin D3 induced activation and subsequent nuclear translocation of MAPK is upstream regulated by PKC in HL−60 cells, „Biochem.Biophys.Res.Commun.” 241, 419−426, Ludwik Hirszfeld Institute of Immunology and Experimental Therapy, Polish Academy of Sciences, Wroclaw, 54.

26. Pavloff, N., Pemberton, P.A., Potempa, J., Chen, W.C., Pike, R.N., Prochazka, V., Kiefer, M.C., Travis, J., Barr, P.J., 1997, Molecular cloning and characterization of Porphyromonas gingivalis lysine−specific gingipain. A new member of an emerging family of pathogenic bacterial cysteine proteinases, „J.Biol.Chem.” 272, 1595−1600, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 74.

27. Placido, R., Mancino, G., Amendola, A., Mariani, F., Vendetti, S., Piacentini, M., Sanduzzi, A., Bocchino, M.L., Zembala, M., Colizzi, V., 1997, Apoptosis of human monocytes/macrophages in Mycobacterium tuberculosis infection, „J.Pathol.” 181, 31−38, Jagiellonian University School of Medicine, Cracow, 61.

28. Ratajczak, M.Z., Kucia, M., Reca, R., Majka, M., Janowska−Wieczorek, A., Ratajczak, J., 2004, Stem cell plasticity revisited: CXCR4−positive cells expressing mRNA for early muscle, liver and neural cells ‘hide out” in the bone marrow, „Leukemia” 18, 29−40, Jagiellonian Univ, Childrens Hosp, Lab Cell & Tissue Engn, Krakow, 46.

29. Schmitz, N., Bacigalupo, A., Labopin, M., Majolino, I., Laporte, J.P., Brinch, L., Cook, G., Deliliers, G.L., Lange, A., Rozman, C., Garcia−Conde, J., Finke, J., Domingo−Albos, A., Gratwohl, A., 1996, Transplantation of peripheral blood progenitor cells from HLA−identical sibling donors. European Group for Blood and Marrow Transplantation (EBMT), „Br.J.Haematol.” 95, 715−723, Polish Acad Sci, Inst Immunol & Expt Therapy, Pl−53114 Wroclaw, 63.

30. Seitzer, U., Swider, C., Stuber, F., Suchnicki, K., Lange, A., Richter, E., Zabel, P., Muller−Quernheim, J., Flad, H.D., Gerdes, J., 1997, Tumour necrosis factor alpha promoter gene polymorphism in sarcoidosis, „Cytokine” 9, 787−790, Polish Acad Sci, Inst Immunol & Expt Therapy, Pl−53114 Wroclaw, 59.

31. Sluzewska, A., Rybakowski, J.K., Laciak, M., Mackiewicz, A., Sobieska, M., Wiktorowicz, K., 1995, Interleukin−6 serum levels in depressed patients before and after treatment with fluoxetine, „Ann. N.Y.Acad.Sci.” 762, 474−476− 84 Poznan Tech Univ, Sch Med Sci, Dept Canc Immunol, Poznan, Med Acad, Dept Psychiat, Bydgoszcz, 91.

32. Sluzewska, A., Rybakowski, J., Bosmans, E., Sobieska, M., Berghmans, R., Maes, M., Wiktorowicz, K., 1996, Indicators of immune activation in major depression, „Psychiatry Res.” 64, 161−167−106 Poznan Tech Univ, Sch Med Sci, Dept Canc Immunol, Poznan, Med Acad, Dept Psychiat, Bydgoszcz, 115.

33. Swadzba, J., De Clerck, L.S., Stevens, W.J., Bridts, C.H., van Cotthem, K.A., Musial, J., Jankowski, M., Szczeklik, A., 1997, Anticardiolipin, anti−beta (2)−glycoprotein I, antiprothrombin antibodies, and lupus anticoagulant in patients with systemic lupus erythematosus with a history of thrombosis, „J.Rheumatol.” 24, 1710−1715, Jagiellonian Univ, Sch Med, Dept Med, Krakow, 43.

34. Szczepanik, M., Anderson, L.R., Ushio, H., Ptak, W., Owen, M.J., Hayday, A.C., Askenase, P.W., 1996, Gamma delta T cells from tolerized alpha beta T cell receptor (TCR)−deficient mice inhibit contact sensitivity−effector T cells in vivo, and their interferon−gamma production in vitro, „J.Exp.Med.” 184, 2129−2139, J.Exp.Med. 184, 2129−2139. Jagiellonian Univ, Sch Med, Dept Immunol, Krakow, 40.

35. Wiedlocha, A., Falnes, P.O., Rapak, A., Munoz, R., Klingenberg, O., Olsnes, S., 1996, Stimulation of proliferation of a human osteosarcoma cell line by exogenous acidic fibroblast growth factor requires both activation of receptor tyrosine kinase and growth factor internalization, „Mol.Cell Biol.” 16, 270−280, Polish Acad Sci, Inst Immunol & Expt Therapy, Wroclaw, 66.

36. Witowski, J., Pawlaczyk, K., Breborowicz, A., Scheuren, A., Kuzlan−Pawlaczyk, M., Wisniewska, J., Polubinska, A., Friess, H., Gahl, G.M., Frei, U., Jorres, A., 2000, IL−17 stimulates intraperitoneal neutrophil infiltration through the release of GRO alpha chemokine from mesothelial cells, „J.Immunol.” 165, 5814−5821, Department of Pathophysiology, University Medical School, Poznan, 45.

37. Wojnicz, R., Nowalany−Kozielska, E., Wojciechowska, C., Glanowska, G., Wilczewski, P., Niklewski, T., Zembala, M., Polonski, L., Rozek, M.M., Wodniecki, J., 2001, Randomized, placebo−controlled study for immunosuppressive treatment of inflammatory dilated cardiomyopathy: two−year follow−up results, „Circulation” 104, 39−45, Jagiellonian University School of Medicine, Cracow, 40.

Mikrobiologia

Mikrobiologia to nauka zajmująca się zagadnieniami związanymi z mikroorganizmami. Do organizmów, którymi zajmuje się mikrobiologia, należą następujące drobnoustroje: bakterie, wirusy, grzyby oraz niektóre organizmy z królestwa Protista. (Wikipedia).

Również w tej dziedzinie wiedzy pojawiły się Nagrody Nobla. Otrzymali je przed rokiem Barry Marschall i J. Robin Warren za odkrycie helicobacter pylori.

By znaleźć się na liście, praca musiała zostać opublikowana w czasopiśmie z nazwą „microbiology” w tytule bądź autor powinien być zatrudniony w instytucji związanej z mikrobiologią, ewentualnie termin mikrobiologia musiał się pojawić w słowach kluczowych. Arbitralnie przyjętą liczbą, którą publikacja powinna uzyskać, by znaleźć się na liście, było 40 cytowań. Drugim warunkiem umieszczenia publikacji na liście była afiliacja autora z krajową instytucją naukową. Ponadto praca powinna się zaliczać do oryginalnych.

Zidentyfikowano 30 takich publikacji, co stanowiło około 8,5 proc. wszystkich polskich prac cytowanych ponad 40 razy. W dziedzinie mikrobiologii przeciętna liczba cytowań jednej publikacji wynosi w przypadku Polski 5,4. Graniczna wartość 40 cytowań przewyższa tę średnią 8 razy.

Najwięcej wysoko cytowanych prac (14, co stanowi ok. 47 proc. całości) pochodzi z UJ, Centralne Laboratorium Surowic i Szczepionek w Warszawie ma 8 publikacji, Akademia Medyczna w Warszawie 6. CMUJ oraz Uniwersytet Gdański mają po 2 prace. Zatem UJ wraz z CMUJ dostarczyły ponad połowy (53 proc.) wszystkich publikacji. W sumie 23 publikacje powstały w placówkach uczelnianych, a 8 w instytutach resortowych. Geograficznie: Kraków dostarczył 16 publikacji, Warszawa 15, a Gdańsk 2.

Osoby, które opublikowały najwięcej takich prac, to: Jan Potempa (UJ) – 14, Waleria Hryniewicz (Centralne Laboratorium Surowic i Szczepionek w Warszawie) – 5, Marek Radkowski (AM w Warszawie) – 3; po 2 publikacje mają: Janusz Cianciara, Stefania Jabłońska i Sławomir Majewski (wszyscy z AM w Warszawie).

Największa liczba wysoko cytowanych publikacji dotyczyła prac związanych z badaniami patogenu porfyromonas gingiwalis (14); 5 publikacji dotyczyło badań nad wirusami (z tego 3 nad wirusem zapalenia wątroby typu C), 3 dotyczyły badań nad streptokokami. Najczęściej cytowane prace (5, 11 i 20) miały kolejno 137, 96 i 128 odnośników i pochodziły z Centralnego Laboratorium Surowic i Szczepionek w Warszawie.

Lista publikacji zamieszczona jest poniżej, liczba cytowań umieszczona jest na końcu danych dotyczących publikacji. Przeciętna liczba cytowań prac umieszczonych na liście wynosiła 60,4, co przekracza średnią krajową w tej dziedzinie nauki 11 razy. Aż 80 proc. prac na liście powstało przy znaczącym lub dominującym udziale partnerów zagranicznych. Niektóre z poniższych publikacji znajdą się na listach często cytowanych publikacji w innych dyscyplinach nauki.

1. Appelbaum, P.C., Gladkova, C., Hryniewicz, W., Kojouharov, B., Kotulova, D., Mihalcu, F., Schindler, J., Setchanova, L., Semina, N., Trupl, J., Tyski, S., Urbaskova, P., Jacobs, M.R., 1996, Carriage of antibiotic−resistant Streptococcus pneumoniae by children in eastern and central Europe−a multicenter study with use of standardized methods, „Clin.Infect.Dis.” 23, 712−717, Sera & Vaccine Res Lab, Warsaw. 45.

2. Baran, J., Guzik, K., Hryniewicz, W., Ernst, M., Flad, H.D., Pryjma, J., 1996, Apoptosis of monocytes and prolonged survival of granulocytes as a result of phagocytosis of bacteria, „Infect.Immun.” 64, 4242−4248, Department of Clinical Immunology and Microbiology, Institute of Paediatrics, Jagiellonian University, Cracow, Sera & Vaccine Cent Res Lab, Warsaw, 57.

3. Calkins, C.C., Platt, K., Potempa, J., Travis, J., 1998, Inactivation of tumor necrosis factor−alpha by proteinases (gingipains) from the periodontal pathogen, Porphyromonas gingivalis. Implications of immune evasion, „J.Biol.Chem.” 273, 6611−6614,. Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 42.

4. Chung, M., de Lencastre, H., Matthews, P., Tomasz, A., Adamsson, I., Aires, d.S., Camou, T., Cocuzza, C., Corso, A., Couto, I., Dominguez, A., Gniadkowski, M., Goering, R., Gomes, A., Kikuchi, K., Marchese, A., Mato, R., Melter, O., Oliveira, D., Palacio, R., Sa−Leao, R., Santos, S., I, Song, J.H., Tassios, P.T., Villari, P., 2000, Molecular typing of methicillin−resistant Staphylococcus aureus by pulsed−field gel electrophoresis: comparison of results obtained in a multilaboratory effort using identical protocols and MRSA strains, „Microb.Drug Resist.” 6, 189−198, Sera and Vaccines Central Research Laboratory, Warsaw, 49.

5. Coffey, T.J., Enright, M.C., Daniels, M., Morona, J.K., Morona, R., Hryniewicz, W., Paton, J.C., Spratt, B.G., 1998, Recombinational exchanges at the capsular polysaccharide biosynthetic locus lead to frequent serotype changes among natural isolates of Streptococcus pneumoniae, „Mol.Microbiol.” 27, 73−83, Sera & Vaccine Cent Res Lab, Warsaw, 137.

6. Curtis, M.A., Kuramitsu, H.K., Lantz, M., Macrina, F.L., Nakayama, K., Potempa, J., Reynolds, E.C., Aduse−Opoku, J., 1999, Molecular genetics and nomenclature of proteases of Porphyromonas gingivalis, „J.Periodontal Res.” 34, 464−472, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 42.

7. Eichinger, A., Beisel, H.G., Jacob, U., Huber, R., Medrano, F.J., Banbula, A., Potempa, J., Travis, J., Bode, W., 1999, Crystal structure of gingipain R: an Arg−specific bacterial cysteine proteinase with a caspase−like fold, „EMBO J.” 18, 5453−5462,. Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 57.

8. Favre, M., Orth, G., Majewski, S., Baloul, S., Pura, A., Jablonska, S., 1998, Psoriasis: A possible reservoir for human papillomavirus type 5, the virus associated with skin carcinomas of epidermodysplasia verruciformis, „J.Invest Dermatol.” 110, 311−317, Akad Med, Dermatol Klin, Warsaw, 71.

9. Genco, C.A., Odusanya, B.M., Potempa, J., Mikolajczyk−Pawlinska, J., Travis, J., 1998, A peptide domain on gingipain R which confers immunity against Porphyromonas gingivalis infection in mice, „Infect.Immun.” 66, 4108−4114, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 43.

10. Genco, C.A., Potempa, J., Mikolajczyk−Pawlinska, J., Travis, J., 1999, Role of gingipains R in the pathogenesis of Porphyromonas gingivalis−mediated periodontal disease, „Clin.Infect.Dis.” 28, 456−465, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 45.

11. Gniadkowski, M., Schneider, I., Palucha, A., Jungwirth, R., Mikiewicz, B., Bauernfeind, A., 1998, Cefotaxime−resistant Enterobacteriaceae isolates from a hospital in Warsaw, Poland: identification of a new CTX−M−3 cefotaxime−hydrolyzing beta−lactamase that is closely related to the CTX−M−1/MEN−1 enzyme, „Antimicrob.Agents Chemother.” 42, 827−832, Sera and Vaccines Central Research Laboratory, Warsaw, 96.

12. Imamura, T., Potempa, J., Tanase, S., Travis, J., 1997, Activation of blood coagulation factor X by arginine−specific cysteine proteinases (gingipain−Rs) from Porphyromonas gingivalis, „J.Biol.Chem.” 272, 16062−1606, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 49.

13. Jagels, M.A., Travis, J., Potempa, J., Pike, R., Hugli, T.E., 1996, Proteolytic inactivation of the leukocyte C5a receptor by proteinases derived from Porphyromonas gingivalis, „Infect.Immun.” 64, 1984−1991, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 46.

14. Laskowska, E., Kuczynska−Wisnik, D., Skorko−Glonek, J., Taylor, A., 1996, Degradation by proteases Lon, Clp and HtrA, of Escherichia coli proteins aggregated in vivo by heat shock; HtrA protease action in vivo and in vitro, „Mol.Microbiol.” 22, 555−571, Department of Biochemistry, University of Gdansk, Gdansk, 52.

15. Laskus, T., Radkowski, M., Wang, L.F., Cianciara, J., Vargas, H., Rakela, J., 1997, Hepatitis C virus negative strand RNA is not detected in peripheral blood mononuclear cells and viral sequences are identical to those in serum: a case against extrahepatic replication, „J.Gen.Virol.” 78 (Pt 11), 2747−2750, Inst Infect Dis, Warsaw, 49.

16. Laskus, T., Radkowski, M., Piasek, A., Nowicki, M., Horban, A., Cianciara, J., Rakela, J., 2000, Hepatitis C virus in lymphoid cells of patients coinfected with human immunodeficiency virus type 1: evidence of active replication in monocytes/macrophages and lymphocytes, „J.Infect.Dis.” 181, 442−448, Inst Infect Dis, Warsaw, 87.

17. Lourbakos, A., Chinni, C., Thompson, P., Potempa, J., Travis, J., Mackie, E.J., Pike, R.N., 1998, Cleavage and activation of proteinase−activated receptor−2 on human neutrophils by gingipain−R from Porphyromonas gingivalis, „FEBS Lett.” 435, 45−48, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 42.

18. Lourbakos, A., Potempa, J., Travis, J., D’Andrea, M.R., Andrade−Gordon, P., Santulli, R., Mackie, E.J., Pike, R.N., 2001, Arginine−specific protease from Porphyromonas gingivalis activates protease−activated receptors on human oral epithelial cells and induces interleukin−6 secretion, „Infect.Immun.” 69, 5121−5130, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 48.

19. Majewski, S., Jablonska, S., 1997, Human papillomavirus−associated tumors of the skin and mucosa, „J.Am.Acad.Dermatol.” 36, 659−685, Department of Dermatology, Warsaw School of Medicine, 74.

20. McGee, L., McDougal, L., Zhou, J., Spratt, B.G., Tenover, F.C., George, R., Hakenbeck, R., Hryniewicz, W., Lefevre, J.C., Tomasz, A., Klugman, K.P., 2001, Nomenclature of major antimicrobial−resistant clones of Streptococcus pneumoniae defined by the pneumococcal molecular epidemiology network, „J.Clin.Microbiol.” 39, 2565−2571, Sera & Vaccine Cent Res Lab, Warsaw, 128.

21. Nagai, K., Appelbaum, P.C., Davies, T.A., Kelly, L.M., Hoellman, D.B., Andrasevic, A.T., Drukalska, L., Hryniewicz, W., Jacobs, M.R., Kolman, J., Miciuleviciene, J., Pana, M., Setchanova, L., Thege, M.K., Hupkova, H., Trupl, J., Urbaskova, P., 2002, Susceptibilities to telithromycin and six other agents and prevalence of macrolide resistance due to L4 ribosomal protein mutation among 992 Pneumococci from 10 central and Eastern European countries, „Antimicrob.Agents Chemother.” 46, 371−377, Sera & Vaccine Cent Res Lab, Warsaw, 46.

22. Palucha, A., Mikiewicz, B., Hryniewicz, W., Gniadkowski, M., 1999, Concurrent outbreaks of extended−spectrum beta−lactamase−producing organisms of the family Enterobacteriaceae in a Warsaw hospital, „J.Antimicrob.Chemother.” 44, 489−499, Sera & Vaccine Cent Res Lab, Warsaw, 47.

23. Pavloff, N., Pemberton, P.A., Potempa, J., Chen, W.C., Pike, R.N., Prochazka, V., Kiefer, M.C., Travis, J., Barr, P.J., 1997, Molecular cloning and characterization of Porphyromonas gingivalis lysine−specific gingipain. A new member of an emerging family of pathogenic bacterial cysteine proteinases, „J.Biol.Chem.” 272, 1595−1600, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 74.

24. Pike, R.N., Potempa, J., McGraw, W., Coetzer, T.H., Travis, J., 1996, Characterization of the binding activities of proteinase−adhesin complexes from Porphyromonas gingivalis, „J.Bacteriol.” 178, 2876−2882, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 74.

25. Placido, R., Mancino, G., Amendola, A., Mariani, F., Vendetti, S., Piacentini, M., Sanduzzi, A., Bocchino, M.L., Zembala, M., Colizzi, V., 1997, Apoptosis of human monocytes/macrophages in Mycobacterium tuberculosis infection, „J.Pathol.” 181, 31−38, Jagiellonian University School of Medicine, Cracow, 61.

26. Potempa, J., Pike, R., Travis, J., 1997, Titration and mapping of the active site of cysteine proteinases from Porphyromonas gingivalis (gingipains) using peptidyl chloromethanes, „Biol.Chem.” 378, 223−230, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 49.

27. Potempa, J., Mikolajczyk−Pawlinska, J., Brassell, D., Nelson, D., Thogersen, I.B., Enghild, J.J., Travis, J., 1998, Comparative properties of two cysteine proteinases (gingipains R), the products of two related but individual genes of Porphyromonas gingivalis, „J.Biol. Chem.” 273, 21648−21657, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 42.

28. Radkowski, M., Wilkinson, J., Nowicki, M., Adair, D., Vargas, H., Ingui, C., Rakela, J., Laskus, T., 2002, Search for hepatitis C virus negative−strand RNA sequences and analysis of viral sequences in the central nervous system: evidence of replication, „J.Virol.” 76, 600−608, Med Acad Warsaw, Inst Infect Dis, Warsaw, 42.

29. Travis, J., Pike, R., Imamura, T., Potempa, J., 1997, Porphyromonas gingivalis proteinases as virulence factors in the development of periodontitis, „J.Periodontal Res.” 32, 120−125, Institute of Molecular Biology, Jagiellonian University, 42.

30. Wawrzynow, A., Banecki, B., Zylicz, M., 1996, The Clp ATPases define a novel class of molecular chaperones, „Mol.Microbiol.” 21, 895−899. Department of Molecular Biology, University of Gdansk, 77.