Aktualności
Badania
24 Października
Fot. M. Kaźmierczak
Opublikowano: 2022-10-24

Nowa metoda przygotowania RNA do sekwencjonowania

Naukowcy z Uniwersytetu Warszawskiego i Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN opracowali nową metodę selekcji i wzbogacania RNA. Umożliwi ona rozwój badań nad ekspresją genów u wielu gatunków grzybów, roślin, a także patogenów powodujących choroby grzybicze lub pasożytnicze.

Grupa naukowców zajmujących się biologią strukturalną, pod kierownictwem dr Marii Górnej z Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego, zajmuje się analizą właściwości ludzkich przeciwwirusowych białek IFIT (ang. Interferon-induced proteins with tetratricopeptide repeats). W toku tych badań opracowano nową metodę selekcji i wzbogacania RNA. Odkrycie ułatwi badania ekspresji genów dla wielu gatunków grzybów, roślin i mikroorganizmów eukariotycznych.

Metoda polega na wychwyceniu i wzbogaceniu kodujących RNA dzięki wiązaniu (przez białko IFIT1 unieruchomione na złożu) czapeczki na 5’ końcu RNA – tzw. grupy kap 0, która występuje tylko na końcach mRNA. Niekodujące RNA zostają „odpłukane” i usunięte z próbki, przez co poprawia się jakość danych otrzymanych z sekwencjonowania. Analiza tak wzbogaconych RNA udowodniła, że nowa metoda z powodzeniem zastępuje komercyjne zestawy stosowane do przygotowywania próbek. Badacze wykazali, że uprzednio znana metoda, oparta o inne białko wiążące kap, nie nadaje się do próbek RNA drożdży piekarskich – modelowego organizmu w badaniach ekspresji genów i metabolizmu RNA.

Usprawnienia we wzbogacaniu mRNA, zaproponowane przez naukowców, umożliwiają rozwój badań nad ekspresją genów w szerokim zakresie gatunków charakteryzujących się występowaniem kap 0: od grzybów po rośliny, w tym również patogeny powodujące choroby grzybicze lub pasożytnicze. Metoda została objęta zgłoszeniem patentowym w Polsce, USA i Unii Europejskiej.

Wyniki prac opublikowano w czasopiśmie „Nucleic Acids Research”. W badaniach, obok liderki projektu, uczestniczyli także: dr hab. Rafał Tomecki z Wydziału Biologii UW oraz dr hab. Agata Starosta i dr Agnieszka Tudek z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN. Badania były finansowane m.in. z grantu LIDER Narodowego Centrum Badań i Rozwoju oraz EMBO Installation Grant.

źródło: UW

 

Dyskusja (0 komentarzy)