Jednym ze znacz±cych organizatorów nauki w Polsce Ludowej by³ Józef Cha³asiñski. Jednak nie dokonania organizacyjne, a wiedza, jak¿e krytyczna, o systemie w³adania nauk± pozostanie trwa³ym dorobkiem tego wybitnego socjologa. Sekwencja dzia³añ i krytycznego obrazowania uwarunkowañ by³a w przypadku Cha³asiñskiego powtarzalna - t³umaczyæ j± nale¿y po marksistowsku pochodzeniem spo³ecznym i wiar± w socjalizm, jaka mimo krytycznych sk³onno¶ci, nieodmiennie uczonemu przy¶wieca³a.
Jako wspó³organizator i prorektor Uniwersytetu £ódzkiego, Cha³asiñski zabra³ g³os w debacie na temat przebudowy szkó³ wy¿szych. Na ³amach „Ku¼nicy” (17 VI 1947) w artykule O spo³eczny sens reformy uniwersytetów wskazywa³, i¿ rozbudowa kompetencji pañstwa wi±¿e siê z biurokratyzacj±. Postulowa³ wiêc „ograniczenie do minimum roli czynnika pañstwowego i partyjno-politycznego” w sferze kultury, sztuki i nauki. Ocenia³, ¿e „stare uniwersytety zosta³y nieprzejednane dla idei g³êbszej spo³ecznej reformy uniwersyteckiej”. Wed³ug Cha³asiñskiego, „uniwersytet musi znale¼æ sposoby duchowego zbli¿enia siê do ruchu robotniczego i ch³opskiego (...) w ramach wspólnej kultury narodowej”. Zbli¿enie to nie mo¿e byæ realizowane „kosztem naukowych zadañ”, a do tego „demokratyzacja spo³eczeñstwa nowoczesnego jest nie do pomy¶lenia bez jego intelektualizacji”. W³a¶nie uniwersytety maj± mieæ znacz±cy udzia³ w „krystalizowaniu opinii intelektualnej (...) Warto¶æ nauki dla demokracji polega nie na dogmatycznym propagowaniu jakiej¶ jednej teorii naukowej, lecz na krytycznej metodzie my¶lenia naukowego, która usuwa bezkompromisowo¶æ dogmatycznych stanowisk religijnych i politycznych”. Tezy te nie znalaz³y uznania u ¿adnej ze stron sporu.
Z kolei, jako wieloletni zastêpca sekretarza naukowego PAN, Cha³asiñski wyst±pi³ w okresie prze³omu pa¼dziernikowego z dog³êbn± krytyk± systemu zarz±dzania nauk±. W „¯yciu Warszawy” (18 XI 1956), w artykule O odrodzenie polskiej my¶li naukowej, ujawni³ rozmiary „ucisku nauki polskiej przez stalinizm”. Pos³uguj±c siê has³em walki klasowej w³adze „doprowadzi³y do intelektualnego i moralnego rozbicia uniwersyteckich ¶rodowisk”. Powo³any przez nie „system poufnego kierowania nauk± przez zaufanych uczonych z awansu politycznego wyrz±dza³ ogromne szkody (...) prowadzi³ do zamieszania w kryteriach kompetencji naukowej i do obni¿ania jako¶ci produkcji naukowej. Polityczny organizator nauki usun±³ w cieñ uczonego (...) wierzy³ w organizowanie i reorganizowanie, w mechaniczne sposoby dzia³ania”. W efekcie „rozgromienie etyki prawdy w ¿yciu politycznym - to by³o zwyciêstwo, jakie ofensywa ideologiczna odnios³a nad nauk± polsk±”.
Tezy te rozbudowa³ Cha³asiñski w artykule Drogi i bezdro¿a socjalizmu w nauce polskiej (1949-1954), opublikowanym w „Kulturze i Spo³eczeñstwie” (nr 1, 1957). Ujawnia³ czasy, w których mo¿liwe by³o „pozbawienie uczonego katedry, zmiana charakteru katedry na inny, a nawet zamkniêcie profesora czy rektora do wiêzienia”. Wskazywa³ na „rozbie¿no¶ci pomiêdzy fikcyjn± fasad± Akademii, jako samorz±du uczonych, a jej rzeczywistym charakterem - narzêdzia do politycznego opanowania kó³ naukowych”. Rz±dzono PAN poprzez upartyjniony Sekretariat Naukowy. W tym systemie „wolno¶æ nauki nie istnia³a”, a „kacyk prowincjonalny komitetu wojewódzkiego (...) wraz z kacykiem spo³ecznym dezorganizowa³ naukê na uniwersytetach”. Pojawi³ siê podzia³ na swoich i obcych. Do swoich nale¿eli tak¿e dobrani bezpartyjni. Wielu uczonych uzyska³o swoistego opiekuna - „partyjnego halabardnika”. Dominowa³ „realizm praktyczny” oraz „prymitywizacja” stosunków w nauce. Cha³asiñski podj±³ te¿ liczne w±tki osobiste. Nie by³a to spowied¼ ani samorozgrzeszenie - nie ulega jednak w±tpliwo¶ci, i¿ zrozumia³, kto i za co ma odpowiedzieæ.