Na podstawie analizy blisko 3 tys. próbek zebranych w przestrzeni publicznej ponad stu miast z 31 krajów stworzono pierwszy atlas wirusów RNA środowiska miejskiego. Próbki pochodziły z dworców, komunikacji miejskiej, szpitali, banków, ulic, sklepów, ścieków, gleby, terenów zielonych.
Akcja global City Sampling Day (gCSD) koordynowana jest przez międzynarodowe konsorcjum MetaSUB (The Metagenomics and Metadesign of the Subways and Urban Biomes) z siedzibą w Nowym Jorku. Ma na celu zbieranie próbek z miejskich przestrzeni, aby sprawdzić co znajduje się w mikrobiomie miasta i szybciej reagować na nowe zagrożenia epidemiologiczne. Od 2020 roku w przedsięwzięciu tym uczestniczy także Kraków. Inicjatorem i koordynatorem krakowskich edycji akcji jest dr hab. inż. Paweł Łabaj, lider Grupy Badawczej Bioinformatyki z Małopolskiego Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego, a zarazem współzałożyciel stowarzyszenia MetaSUB Europe.
Właśnie ukazała się najnowsza publikacja zespołu. Na podstawie analizy blisko 3 tys. próbek zebranych w przestrzeni publicznej 102 miast z 31 krajów stworzono pierwszy atlas wirusów RNA środowiska miejskiego. Próbki pochodziły z dworców, komunikacji miejskiej, szpitali, banków, ulic, sklepów, ścieków, gleby, terenów zielonych.
Naukowcy zidentyfikowali niemal 55 tys. wirusów RNA, z których 77 proc. nie było wcześniej znanych nauce. Ich analiza pozwoliła również wyróżnić dwie potencjalnie nowe gromady (phyla) oraz nową klasę RNA wirusów, znacząco poszerzając wiedzę o ich różnorodności – informuje Małopolskie Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Spośród RNA wirusów, którym udało się przypisać gospodarza (organizm przez nie zakażony), ponad połowa to prawdopodobnie bakteriofagi, czyli wirusy zakażające bakterie. Autorzy zidentyfikowali także 166 RNA wirusów powiązanych z czterema bakteriami należącymi do grupy ESKAPE (akronim obejmujący sześć gatunków bakterii uznawanych za jedne z najgroźniejszych patogenów szpitalnych: Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa oraz Enterobacter spp.)
Regularne monitorowanie środowiskowych RNA wirusów w przestrzeni miejskiej może w przyszłości stać się elementem systemu wczesnego ostrzegania przed nowymi zagrożeniami epidemiologicznymi.
Próbki z miast uczestniczących w projekcie global City Sampling Day koordynowane były przez konsorcjum MetaSUB i zbierane od marca do lipca 2020 roku. Następnie zostały połączone z dodatkowymi próbkami środowiskowymi pochodzącymi z innych projektów badawczych. Próbki z Krakowa zostały zebrane przy współpracy z Urzędem Miasta Krakowa i miejskimi jednostkami oraz uwzględnione w globalnej analizie, stanowiąc część międzynarodowego zbioru danych. Wyniki analizy opublikowało czasopismo „Nature Communications”.
MK, źródło: UJ