„Rekonstrukcja neuronów w mózgu muchy w rozdzielczości nanometrowej” – to tytuł kolejnego wirtualnego seminarium organizowanego przez Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego. W czwartek 20 stycznia gościem będzie Sven Dorkenwald z Princeton University.
Kompleksowe schematy połączeń neuronalnych pochodzące z obrazów z mikroskopu elektronowego umożliwiają naukowcom testowanie modeli tego, w jaki sposób obwody mózgowe powodują wzrost aktywności neuronalnej oraz zachowań napędowych. Dzięki postępom w zautomatyzowanej akwizycji i analizie obrazów, na horyzoncie pojawiły się konektomy całego mózgu z tysiącami neuronów. Jednak nadal potrzeba wielu osób i lat ręcznego sprawdzania, aby poprawić błędy w tych automatycznych rekonstrukcjach.
Sven Dorkenwald, gość najbliższego wirtualnego seminarium ICM UW, stworzył FlyWire, aby ułatwić sprawdzanie obwodów neuronowych w mózgu muchy przy pomocy społeczności badaczy rozsianych po całym świecie. Chociaż FlyWire jest poświęcony mózgowi muchy, jego metody będą ogólnie stosowane w konektomice całego mózgu i są już używane do sprawdzania wielu zestawów danych. Podczas wykładu opowie, w jaki sposób struktury obliczeniowe i społeczne FlyWire są zorganizowane w celu skalowania do konektomii całego mózgu i przedstawi postępy w tworzeniu poprawionej mapy mózgu muszki owocówki.
Seminarium zaplanowano na czwartek 20 stycznia o godz. 16:00. Odbędzie się w formule zdalnej. Udział w nim jest darmowy. Rejestracja: https://supercomputingfrontiers.eu/2022/seminars/.
Sven Dorkenwald jest doktorantem w Seung Lab na Uniwersytecie Princeton. W ramach pracy doktorskiej zajmuje się opracowywaniem systemów, infrastruktury i metod uczenia maszynowego w celu ułatwienia analizy wielkoskalowych zbiorów danych dotyczących konektomii. Wraz ze współpracownikami z Allen Institute for Brain Science opracował infrastrukturę do korekty i adnotacji, która jest używana do hostowania wielu wielkoskalowych zestawów danych dotyczących konektomii oraz obsługuje FlyWire. FlyWire.ai to społeczność internetowa do sprawdzania obwodów neuronowych w mózgu muchy w oparciu o zestaw danych FAFB EM.
To już 21 seminarium poświęcone informatyce i naukom obliczeniowym w ramach cyklu Virtual ICM Seminars in Computer and Computational Science. Spotkania są kontynuacją corocznej konferencji „Supercomputing Frontiers Europe”. Od początku cyklu w marcu 2020 r. wzięło w nich udział ponad 1600 osób z niemal wszystkich stref czasowych, a stronę supercomputingfrontiers.eu z bibliotekami nagrań prelegentów odwiedziło ponad 18 tys. gości ze 122 krajów.
MK